自分のXF86Config-4の同じセクションを書き換えることで
2マウス(タッチパッドとUSBマウス)の使い方ができるよう
になります。同時利用OKです。

例(自分のXF86Config-4で適宜に読みかえてください)
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Section "ServerLayout"
	Identifier "XFree86 Configured"
	Screen      0  "Screen0" 0 0
	InputDevice    "Mouse0" "CorePointer"
	InputDevice    "Mouse1" "SendCoreEvents" ←追記
EndSection
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Section "InputDevice"
	Identifier	"Mouse0"
	# Modified by mouseconfig
	Driver		"mouse"
	Option		"Device"		"/dev/mouse"
	Option		"Protocol"		"GlidePointPS/2"
	Option		"Emulate3Buttons"	"yes"
	Option		"ZAxisMapping"		"4 5"
EndSection

↓以下追記
Section "InputDevice"
	Identifier	"Mouse1"
	Driver		"mouse"
	Option		"Device"		"/dev/input/mice"
	Option		"Protocol"		"IMPS/2"
	Option		"Emulate3Buttons"	"no"
	Option		"ZAxisMapping"		"4 5"
EndSection
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あくまでも、例・・ですから、細かい部分はご自身のハード(マウス)に
合わせて設定してください。