See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2024-08-20 04:43:59 -0400 (Tue, 20 Aug 2024).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 75

1BiocVersion (59841)
2GenomeInfoDb (58303)
3BiocGenerics (56800)
4S4Vectors (56357)
5zlibbioc (52642)
6IRanges (52136)
7XVector (48835)
8Biobase (48386)
9Biostrings (47054)
10GenomicRanges (43733)
11DelayedArray (42884)
12BiocParallel (41889)
13MatrixGenerics (40358)
14SummarizedExperiment (38798)
15S4Arrays (38465)
16KEGGREST (36803)
17AnnotationDbi (36642)
18limma (32162)
19SparseArray (30310)
20BiocFileCache (26519)
21Rhtslib (24911)
22GenomicAlignments (24292)
23Rhdf5lib (24216)
24biomaRt (23835)
25Rsamtools (23765)
26edgeR (23305)
27rtracklayer (21810)
28DESeq2 (21727)
29ggtree (20868)
30GenomicFeatures (20311)
31treeio (20018)
32rhdf5 (19973)
33BiocIO (19870)
34rhdf5filters (19324)
35graph (18880)
36annotate (18102)
37clusterProfiler (18093)
38DOSE (17817)
39enrichplot (17629)
40qvalue (17396)
41fgsea (17085)
42GOSemSim (17071)
43BSgenome (16673)
44DelayedMatrixStats (16465)
45beachmat (15635)
46sparseMatrixStats (15598)
47SingleCellExperiment (15196)
48ComplexHeatmap (14618)
49preprocessCore (14255)
50HDF5Array (13355)
51genefilter (12882)
52multtest (12639)
53VariantAnnotation (12365)
54BiocSingular (12360)
55ScaledMatrix (12218)
56ProtGenerics (11900)
57AnnotationHub (11633)
58AnnotationFilter (10800)
59BiocNeighbors (10680)
60impute (10581)
61ensembldb (10093)
62Rgraphviz (9979)
63scuttle (9958)
64RBGL (9537)
65GEOquery (9382)
66interactiveDisplayBase (9377)
67UCSC.utils (8986)
68GSEABase (8918)
69affy (8442)
70affyio (8417)
71ExperimentHub (7574)
72sva (7347)
73scater (7088)
74geneplotter (6514)
75BiocStyle (6404)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

0

00TABLE (1)

1

1imma (1)

5

54vectors (1)

A

a4 (88)
a4Base (153)
a4Classif (118)
a4Core (168)
a4Preproc (179)
a4Reporting (118)
aads.rnai (1)
ABAData (1)
ABAEnrichment (11)
abaenrichment (0)
ABarray (83)
abc (1)
abc.data (1)
abe (0)
abif (1)
abind (2)
abseqR (60)
ABSOLUTE (0)
ABSSeq (119)
acde (66)
ACE (91)
ace.fma (1)
acepack (2)
aCGH (220)
ACME (88)
ACTIONet (1)
ActivePathways (1)
actuar (1)
ada (1)
adabag (1)
ADaCGH2 (76)
ADAM (148)
ADAMgui (99)
adaptest (6)
AdaptGauss (1)
adductData (1)
adductomicsR (59)
ade4 (4)
adegenet (1)
adegraphics (1)
adehabitat (1)
adephylo (1)
ADGofTest (1)
ADImpute (73)
aditools (1)
adjustedCurves (1)
admiral (2)
admiral.test (1)
admiraldev (1)
admisc (18)
admixtools (0)
ADMM (1)
adSplit (74)
adverSCarial (36)
AER (1)
afex (1)
affio (0)
AffiXcan (58)
affxparser (1624)
affy (8442)
affycomp (96)
AffyCompatible (24)
affyContam (119)
affycoretools (402)
affydata (2)
AffyExpress (15)
affyILM (84)
affyio (8417)
affylmGUI (89)
affyPara (17)
affypdnn (15)
affyPLM (1155)
affyplm (0)
affyQCReport (22)
AffyRNADegradation (65)
AffyTiling (10)
AGDEX (67)
aggregateBioVar (74)
aggregation (0)
AGHmatrix (1)
Agi4x44PreProcess (5)
agilp (93)
AgiMicroRna (137)
agricolae (9)
AHMassBank (53)
AICcmodavg (1)
aigoraFitMini (1)
AIMS (421)
AIPW (1)
airpart (67)
airr (1)
airway (1)
akima (1)
alabama (1)
alabaster (48)
alabaster.base (1056)
alabaster.bumpy (89)
alabaster.files (41)
alabaster.mae (94)
alabaster.matrix (1037)
alabaster.ranges (1010)
alabaster.sce (385)
alabaster.schemas (932)
alabaster.se (960)
alabaster.spatial (89)
alabaster.string (105)
alabaster.vcf (96)
alakazam (1)
ald (0)
ALDEx2 (1192)
aldvmm (1)
alembic (0)
alevinQC (85)
AlgDesign (2)
alkahest.generic (0)
ALL (11)
AllelicImbalance (105)
alluvial (1)
almanac (0)
AlphaBeta (55)
alphahull (1)
AlphaMissenseR (24)
alphashape3d (1)
alphavantager (1)
alpine (37)
ALPS (5)
AlpsNMR (68)
alr3 (1)
alr4 (1)
alsace (16)
altair (1)
altcdfenvs (120)
amap (1)
AMARETTO (152)
ambient (1)
Amelia (1)
AmesHousing (1)
amgen.okta.client (1)
amgsafetyvis (1)
amlogger (1)
AMOUNTAIN (96)
amplican (86)
ampliQueso (12)
AnalysisPageServer (8)
anamiR (9)
Anaquin (59)
ANCOMBC (1238)
AneuFinder (89)
aneufinder (1)
AneuFinderData (0)
aneufinderdata (1)
ANF (53)
angrycell (1)
animalcules (152)
animation (2)
annaffy (273)
AnnBuilder (2)
annbuilder (0)
anndata (0)
annmap (117)
AnnoProbe (1)
annotate (18102)
annotation (1)
AnnotationDbi (36642)
annotationdbi (1)
AnnotationFilter (10800)
AnnotationForge (2364)
AnnotationFuncs (19)
AnnotationHub (11633)
annotationhub (1)
AnnotationHubData (369)
annotationTools (128)
annotatr (474)
anota (89)
anota2seq (80)
anRichment (1)
anticlust (1)
antiProfiles (64)
AnVIL (572)
AnVILAz (2)
AnVILBase (3)
AnVILBilling (52)
AnVILGCP (1)
AnVILPublish (61)
AnVILWorkflow (45)
anytime (6)
aod (2)
APAlyzer (72)
apcluster (1)
apComplex (67)
APCtools (1)
ape (41)
apeglm (3554)
apexcharter (1)
APL (152)
aplot (48)
appgen (1)
applera (2)
appreci8R (97)
aqp (1)
archive (1)
ArchR (1)
argparse (12)
argparser (1)
argus.DS.Credentials (3)
argusDS.apc.utils (3)
argusDS.backtesting.engine (2)
argusDS.data (2)
argusDS.data.engineering (1)
argusDS.data.preparation (2)
argusDS.data.preparation2 (4)
argusDS.data.visualisation (1)
argusDS.database (2)
argusDS.DataValidation (1)
argusDS.DB.manager.utilities (2)
argusDS.distributions (1)
argusDS.driver.importance (2)
argusDS.FCUtilities (2)
argusDS.FZ.SourceData (1)
argusDS.FZ.utils (1)
argusDS.gamboostLSS (1)
argusDS.gamlss.distributions (1)
argusDS.gamlss.forecast (3)
argusDS.gamlss.modelling (3)
argusDS.gamlss.smoothers (1)
argusDS.gamlss.testing (3)
argusDS.gamlss.utils (2)
argusDS.GlobalSettings (1)
argusDS.model.testing (1)
argusDS.model.tools (3)
argusDS.model.validation (1)
argusDS.modeldb (1)
argusDS.possibility.curves.daily (1)
argusDS.PossibilityCurves.db.utils (2)
argusDS.PossibilityCurves.utils (1)
argusDS.S3 (1)
argusDS.shiny.utils (2)
argusDS.signal.dataprep (1)
argusDS.smoothers (1)
argusDS.spread.trading.utils (3)
argusDS.Studio.APC (1)
argusDS.Studio.FC (1)
argusDS.studio.ml (1)
argusDS.Studio.MyStudio (2)
argusDS.Studio.permissions (2)
argusDS.Studio.utils (3)
argusDS.tabulator (2)
argusDS.trading.optimization (1)
argusDS.trading.performance (2)
argusDS.TradingSignals (1)
argusDS.UI (1)
argusDS.utilities (1)
aricode (1)
arm (4)
aroma.affymetrix (8)
aroma.apd (9)
aroma.core (9)
aroma.light (2003)
ArrayExpress (436)
arrayexpress (1)
ArrayExpressHTS (18)
arrayhelpers (1)
arrayMagic (3)
arrayMvout (66)
arrayop (1)
arrayQCplot (2)
arrayQuality (132)
arrayQualityMetrics (492)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (19)
ArrayTV (16)
ARRmData (1)
ARRmNormalization (67)
arrow (21)
arsenal (2)
artMS (82)
arules (6)
ArvadosR (1)
ASAFE (57)
ASCAT (0)
ascii (1)
asciicast (1)
ASEB (67)
ASExtras4 (0)
AsgntDAMacro (0)
ASGSCA (61)
ash (7)
ashr (2)
asht (1)
ASICS (89)
AsioHeaders (5)
askpass (175)
asmn (4)
asnipe (0)
ASpediaFI (7)
ASpli (104)
asremlPlus (0)
assert (1)
assertive (1)
assertive.base (1)
assertive.code (1)
assertive.data (1)
assertive.data.uk (1)
assertive.data.us (1)
assertive.datetimes (1)
assertive.files (1)
assertive.matrices (1)
assertive.models (1)
assertive.numbers (1)
assertive.properties (10)
assertive.reflection (1)
assertive.sets (1)
assertive.strings (1)
assertive.types (11)
assertr (2)
assertthat (2)
AssessORF (92)
ASSET (107)
ASSIGN (121)
AssotesteR (0)
astsa (1)
ASURAT (65)
ATACCoGAPS (49)
ATACseqQC (375)
ATACseqTFEA (64)
ATE (1)
atena (111)
AtlasRDF (9)
ATR (1)
atSNP (79)
attachment (4)
attempt (1)
attract (78)
AUC (1)
AUCell (2320)
audio (1)
audited (1)
auth0 (1)
autonomics (55)
Autotuner (6)
av (1)
ava2 (1)
AWFisher (62)
aws (1)
aws.ec2metadata (1)
aws.s3 (7)
aws.signature (7)
awsMethods (1)
awst (53)
azcore (1)
Azimuth (1)
AzureAuth (1)
AzureGraph (5)
AzureRMR (5)
AzureStor (1)

B

BaalChIP (62)
babelgene (5)
babelmixr2 (1)
babelwhale (0)
babynames (1)
BAC (17)
backports (79)
bacon (107)
bacr (0)
BADER (66)
badger (0)
BadRegionFinder (58)
BAGS (69)
baguette (1)
bain (1)
BalancedSampling (0)
ballgown (664)
bambu (279)
bamsignals (1108)
BANDITS (115)
bandle (62)
Banksy (50)
banocc (81)
barcodetrackR (56)
BART (1)
bartMachine (1)
bartMachineJARs (1)
base (1)
base2grob (1)
base64 (3)
base64enc (2)
base64url (1)
basecallQC (69)
basefun (1)
basemaps (1)
BaseSpaceR (67)
Basic4Cseq (68)
BASiCS (166)
BASiCStan (86)
BasicSTARRseq (59)
basilisk (4383)
basilisk.utils (3997)
batchelor (3933)
BatchJobs (1)
BatchQC (109)
batchtools (1)
battenberg (1)
BayesFactor (2)
BayesFM (1)
BayesianTools (0)
BayesKnockdown (58)
bayesm (9)
bayesmeta (1)
BayesPeak (18)
bayespeak (0)
BayesPen (0)
bayesplot (12)
BayesPostEst (1)
bayesQR (1)
BayesSpace (233)
bayestestR (8)
BayesX (1)
bayNorm (84)
baySeq (456)
bayseq (1)
BB (1)
BBCAnalyzer (60)
BBmisc (1)
bbmle (12)
bbotk (1)
bbr (1)
bbr.bayes (1)
bccaEndometrial (0)
BCEE (0)
bcellViper (1)
bcp (1)
BCRANK (74)
bcSeq (63)
BDgraph (0)
BDMMAcorrect (31)
bdsmatrix (11)
BE (1)
beachmat (15635)
beachmat.hdf5 (71)
beadarray (724)
beadarraySNP (49)
BeadDataPackR (651)
BeadExplorer (2)
beanplot (1)
BEARscc (58)
BEAT (63)
beaver (1)
BEclear (72)
bedr (0)
beepr (1)
beer (59)
beeswarm (1)
bench (1)
benchdamic (87)
benchmarkme (1)
benchmarkmeData (1)
benchr (1)
BentoBox (0)
berryFunctions (1)
BERT (19)
Bessel (1)
bestglm (1)
bestNormalize (2)
betaHMM (18)
betareg (1)
betr (10)
bettermc (1)
bettr (16)
BeviMed (0)
bezier (1)
BG2 (52)
bgafun (13)
BgeeCall (45)
BgeeDB (129)
BGLR (1)
BGmix (21)
bgs.hermes (1)
bgx (67)
BH (191)
BHC (82)
BIApylon (1)
BiasedUrn (14)
BIAutils (1)
bib2df (1)
bibtex (2)
BicARE (136)
biclust (0)
BIEN (1)
bife (1)
BiFET (61)
biganalytics (0)
bigassertr (1)
bigD (1)
bigdist (0)
BiGGR (70)
BIGL (1)
biglasso (1)
biglm (2)
biglmm (1)
bigmelon (67)
bigmemory (2)
bigmemory.sri (2)
bigmemoryExtras (15)
bigparallelr (1)
bigPint (27)
bigreadr (0)
bigrquery (15)
bigsnpr (0)
bigsparser (0)
bigstatsr (1)
bigutils (0)
bigutilsr (1)
billboarder (10)
bim (2)
BiMax (1)
binb (1)
BindingSiteFinder (59)
bindr (1)
bindrcpp (1)
binGroup (1)
binman (2)
binom (1)
binr (0)
bio3d (4)
bioassayR (77)
biobank (1)
Biobase (48386)
biobase (1)
BioBase (1)
biobroom (201)
biobtreeR (53)
bioc::GenomeInfoDbData (0)
bioCancer (75)
BioCartaImage (38)
BiocBaseUtils (5974)
BiocBook (48)
BiocBookDemo (3)
BiocCaseStudies (17)
BiocCheck (1630)
biocDatasets (2)
BiocDockerManager (15)
BiocFHIR (49)
BiocFileCache (26519)
BiocFileCaches (1)
BiocGenerics (56800)
BioCGenerics (0)
biocGraph (194)
BiocHail (39)
BiocHubsShiny (84)
BiocInstaller (398)
biocinstaller (2)
BiocInstallerf (0)
BiocIO (19870)
BiocManager (267)
biocmanager (1)
BiocNeighbors (10680)
biocneighbors (1)
BiocOncoTK (78)
Bioconductor (1)
bioconductor (1)
bioconductor-geomxtools (0)
BioCor (83)
BiocParallel (41889)
BiocPkgTools (159)
biocroxytest (27)
BiocSet (275)
BiocSingular (12360)
BiocSklearn (72)
BiocStyle (6404)
biocthis (243)
BiocVersion (59841)
Biocversion (1)
biocversion (1)
biocViews (4308)
BiocWorkflowTools (175)
biodb (194)
biodbChebi (87)
biodbExpasy (51)
biodbHmdb (64)
biodbKegg (69)
biodbLipidmaps (43)
biodbMirbase (30)
biodbNcbi (53)
biodbNci (62)
biodbUniprot (52)
bioDist (260)
BiodiversityR (1)
BioGA (2)
Biogenerics (1)
BioGenerics (1)
biom (0)
biomanager (1)
biomaRt (23835)
biomart (0)
biomartr (1)
BioMedR (3)
biomformat (5610)
BioMM (17)
biomod2 (1)
BioMVCClass (63)
biomvRCNS (64)
BioNAR (69)
BioNERO (299)
BioNet (279)
BioNetStat (88)
BioPlex (5)
BioQC (125)
BioSeqClass (17)
biosigner (97)
biostat3 (1)
biostatR (0)
biostatUtil (0)
Biostring (1)
Biostrings (47054)
biostrings (0)
biosvd (14)
BioTIP (75)
biotmle (64)
biotools (1)
BioVersion (0)
biovizBase (5531)
BiplotML (1)
BiRewire (124)
birta (17)
birte (7)
biscuiteer (69)
biscuiteerData (1)
BiSeq (149)
bit (60)
bit64 (12)
bitops (10)
BitSeq (23)
bizdays (2)
bkbutils (1)
blacksheepr (68)
bladderbatch (1)
BlakerCI (1)
blastula (1)
blavaan (1)
blima (59)
BLMA (72)
blme (7)
blob (87)
blockcluster (1)
blockCV (1)
blockForest (1)
blockmodeling (1)
blogdown (0)
BloodGen3Module (157)
bluster (5291)
BlythStillCasellaCI (1)
BMA (1)
bmcite.SeuratData (1)
BMisc (1)
BMix (1)
bmp (1)
bmspal (1)
bnbc (152)
bnem (63)
bnlearn (2)
BOBaFIT (59)
BOIN (1)
bold (1)
bookdown (38)
Boom (1)
boomer (1)
BoomSpikeSlab (1)
boot (62)
bootstrap (1)
borealis (55)
Boruta (0)
botor (0)
box (11)
BPCells (1)
bpcp (1)
BPRMeth (100)
BPSC (1)
bRacatus (1)
BradleyTerry2 (1)
BRAIN (124)
brainflowprobes (45)
brainImageR (3)
BrainSABER (8)
BrainStars (15)
branchpointer (81)
brave (1)
breakpointR (63)
breakpointRdata (1)
brendaDb (54)
brew (64)
BREW3R.r (15)
BRGenomics (138)
brglm (1)
brglm2 (1)
bricks (0)
brickster (0)
bridge (16)
BridgeDbR (81)
bridgedist (0)
bridgesampling (1)
brio (119)
brms (1)
brmsmargins (1)
broadSeq (2)
Brobdingnag (1)
broman (1)
broom (108)
broom.helpers (10)
broom.mixed (1)
broomExtra (1)
BrowserViz (170)
BrowserVizDemo (3)
bs4Dash (10)
BSgenome (16673)
bsgenome (0)
BSGenome (0)
BSgenome.Celegans.UCSC.ce2 (1)
BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam3 (6)
BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3 (0)
BSgenome.Drerio.UCSC.danRer11 (1)
BSgenome.Ggallus.ENSEMBL.galGal6 (1)
BSgenome.Hsapiens.1000genomes.hs37d5 (1)
BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38 (1)
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 (8)
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38 (13)
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38.dbSNP151.major (1)
BSgenome.Mmul10.SIVmac251 (1)
BSgenome.Mmulatta.NCBI.mmul10.tmp (0)
BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10 (8)
BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm39 (1)
BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9 (0)
BSgenome.Oaries.ENSEMBL.RambV2 (1)
BSgenome.Omela.CUSTOM.oenMel1.1 (0)
BSgenomeForge (117)
BSgenomes (1)
bsicons (3)
bslib (321)
bsplus (1)
bsseq (1449)
bst (0)
bsts (1)
btergm (1)
BubbleTree (74)
BuenColors (1)
BufferedMatrix (96)
BufferedMatrixMethods (62)
bugsigdbr (161)
BUMHMM (84)
bumphunter (2804)
BumpyMatrix (559)
BUS (61)
BUScorrect (52)
BUSpaRse (202)
BUSseq (57)
butcher (3)
bvls (1)
BWStest (2)

C

C50 (1)
ca (5)
CAbiNet (1)
cache (1)
cachem (232)
CaDrA (37)
CAEN (47)
CAFE (75)
CAGEfightR (194)
cageminer (63)
CAGEr (161)
cAIC4 (1)
Cairo (14)
CALIB (15)
calib (0)
calibrate (1)
callr (191)
callthat (0)
calm (46)
CAM (1)
CAMERA (516)
campsis (1)
campsismod (1)
CAMTHC (4)
CaMutQC (18)
canceR (95)
cancerclass (124)
CancerInSilico (18)
CancerMutationAnalysis (16)
CancerSubtypes (96)
CAnD (10)
candisc (1)
canvasXpress (1)
caOmicsV (8)
caper (1)
capsidr (1)
capushe (1)
car (34)
carData (3)
cardelino (62)
Cardinal (182)
CardinalIO (142)
caret (30)
caretEnsemble (1)
CARNIVAL (146)
carrier (1)
CARTools (0)
casebase (1)
casper (62)
castor (2)
CATALYST (538)
catboost (1)
catdata (1)
Category (1914)
category (1)
categoryCompare (74)
caTools (5)
CATT (0)
causaldata (1)
CausalGPS (1)
CausalR (68)
cba (1)
cbaf (64)
CBEA (124)
cBioPortalData (441)
CBNplot (139)
cbpManager (56)
CBPS (1)
ccaPP (1)
ccdata (11)
ccdrAlgorithm (1)
ccDSM (1)
ccfindR (94)
ccImpute (52)
ccmap (82)
CCPlotR (51)
CCPROMISE (64)
ccrepe (101)
ccube (0)
CDI (37)
cdip.datastore (1)
CDr (0)
celaref (73)
celda (700)
CellaRepertorium (48)
CellBarcode (66)
cellbaseR (81)
CellBench (133)
CellChat (1)
celldex (3)
cellGrowth (13)
cellHTS (11)
cellHTS2 (227)
CelliD (248)
cellity (65)
CellMapper (66)
cellmigRation (50)
CellMixS (80)
CellNOptR (193)
cellnoptr (0)
cellranger (1)
cellscape (52)
CellScore (54)
CellTrails (58)
cellTree (14)
cellxgene.census (1)
cellxgenedp (102)
cem (1)
CEMiTool (141)
censcyt (59)
censored (1)
censReg (1)
Cepo (189)
ceRNAnetsim (50)
CeTF (83)
CexoR (67)
CFAssay (51)
cfdnakit (50)
cfDNAPro (72)
cfTools (49)
cgam (1)
cgdsr (1)
CGEN (66)
CGHbase (434)
CGHcall (393)
cghFLasso (0)
cghMCR (69)
CGHnormaliter (71)
CGHregions (89)
ChAMP (588)
chAMP (1)
ChAMPdata (1)
changepoint (1)
chanmetab (1)
CHARGE (6)
charm (17)
checkmate (187)
checkr (1)
ChemmineOB (312)
ChemmineR (810)
chemometrics (1)
CHETAH (97)
ChIC (17)
Chicago (95)
chihaya (63)
chimera (19)
chimeraviz (110)
ChIPanalyser (64)
ChIPComp (64)
chipenrich (163)
ChIPexoQual (69)
ChIPpeakAnno (1033)
chippeakanno (0)
ChIPQC (368)
ChIPseeker (1848)
chipseeker (1)
chipseq (641)
ChIPseqR (87)
ChIPSeqSpike (9)
ChIPsim (87)
ChIPXpress (94)
chk (5)
chopsticks (94)
CHORD (0)
choroplethr (1)
chroGPS (15)
chromDraw (58)
ChromHeatMap (127)
chromoMap (1)
chromote (7)
ChromoViz (3)
chromPlot (170)
ChromSCape (69)
chromstaR (90)
chromstaRData (1)
chromswitch (21)
chromVAR (1149)
chron (4)
CHRONOS (64)
cibersort (1)
cicero (214)
CIMICE (54)
CINdex (75)
cindex (0)
circlesize (0)
circlize (40)
circRNAprofiler (75)
CircSeqAlignTk (56)
circular (0)
cisPath (58)
CiteFuse (87)
citril (1)
Ckmeans.1d.dp (1)
clarabel (1)
clariomdhumancdf (1)
class (48)
ClassDiscovery (1)
ClassifyR (326)
classInt (36)
cleanrmd (1)
cleanUpdTSeq (108)
CleanUpRNAseq (0)
cleaver (198)
clevRvis (60)
cli (289)
CLIFF (1)
clinfun (1)
ClinicalQc (0)
clinPK (0)
ClinViz (1)
clippda (67)
clipper (99)
clipr (19)
cliProfiler (50)
cliqueMS (128)
clisymbols (1)
clock (17)
Clomial (58)
Clonality (27)
clonotypeR (20)
clst (94)
clstutils (62)
clubSandwich (1)
clue (44)
CluMSID (67)
ClustAll (23)
clustComp (64)
cluster (82)
clusterCrit (1)
clusterExperiment (351)
clusterexperiment (1)
ClusterFoldSimilarity (18)
clusterGeneration (3)
ClusterJudge (57)
clustermq (3)
clusterprofielr (0)
clusterProfiler (18093)
clusterprofiler (1)
ClusterProfiler (1)
ClusterR (1)
clusterRepro (0)
clusterSeq (55)
ClusterSignificance (58)
clusterSim (1)
clusterStab (80)
ClusterTools (1)
clusthaplo (0)
clustifyr (144)
ClustIRR (47)
clustMixType (1)
ClustOfVar (1)
clustree (2)
clv (1)
clValid (1)
CMA (117)
cmapR (401)
CMAverse (1)
cmdstanr (1)
CMplot (1)
cmprsk (4)
CmsAnalytics (1)
cn.farms (67)
cn.mops (261)
CNAnorm (68)
CNAqc (0)
CNEr (3403)
CNORdt (67)
CNORfeeder (73)
CNORfuzzy (71)
cNORM (0)
CNORode (92)
CNPBayes (8)
CNTools (133)
cntools (1)
CNVfilteR (61)
CNVgears (33)
cnvGSA (68)
CNViz (56)
CNVMetrics (52)
CNVPanelizer (63)
CNVRanger (126)
CNVrd2 (65)
CNVtools (13)
coastr (1)
cobalt (2)
cobindR (14)
cobs (1)
CoCiteStats (57)
COCOA (77)
coda (19)
coda.base (1)
codelink (78)
codetools (62)
CODEX (109)
coexnet (13)
CoGAPS (289)
cogena (88)
cogeqc (70)
Cogito (48)
coGPS (60)
COHCAP (54)
coin (2)
cola (131)
collapse (1)
collections (1)
CollessLike (0)
colMeans (1)
coloc (20)
colorfulVennPlot (1)
colorRamps (11)
colorspace (53)
colortools (1)
colourpicker (9)
colourvalues (1)
cols4all (1)
comapr (60)
ComBatFamQC (0)
combi (89)
combinat (1)
coMET (80)
coMethDMR (64)
ComICS (0)
commentr (1)
common (1)
CommonJavaJars (1)
commonmark (186)
compareDF (1)
compareGroups (1)
compartmap (33)
COMPASS (82)
compcodeR (85)
compEpiTools (73)
CompGO (14)
compiler (1)
ComplexHeatmap (14618)
complexheatmap (1)
complexHeatmap (1)
ComplexUpset (1)
compositions (2)
CompoundDb (249)
CompQuadForm (1)
ComPrAn (56)
compSPOT (32)
compute.es (1)
concaveman (1)
conclus (6)
concordexR (73)
condcomp (3)
condiments (93)
conditionz (1)
condMVNorm (1)
coneproj (1)
conf.design (1)
CONFESS (76)
config (27)
configr (1)
confintr (1)
conflicted (14)
confoundr (1)
connectapi (1)
connectwidgets (1)
conquer (3)
consensus (52)
ConsensusClusterPlus (3035)
consensusClustR (1)
consensusDE (72)
consensusOV (120)
consensusSeekeR (102)
consICA (141)
consort (1)
ConsRank (1)
CONSTANd (51)
contentid (1)
contfrac (1)
contiBAIT (48)
conumee (162)
convert (149)
coop (1)
CoordinateCleaner (1)
copa (60)
COPDSexualDimorphism (3)
copula (3)
CopyhelpeR (1)
copykat (1)
copynumber (132)
CopyNumber450k (8)
CopyNumberPlots (155)
CopywriteR (26)
coRdon (179)
CoRegFlux (3)
CoRegNet (39)
CoreGx (370)
Cormotif (68)
CorMut (14)
coRNAi (12)
corncob (1)
coro (1)
corpcor (2)
corpora (1)
corral (79)
correlation (4)
CORREP (47)
corrplot (3)
corrr (1)
coseq (144)
COSG (1)
CoSIA (60)
cosmiq (88)
cosmo (3)
cosmoGUI (3)
cosmosR (72)
COSNet (52)
COTAN (84)
CountClust (12)
countrycode (12)
countsimQC (205)
covEB (52)
coveffectsplot (1)
CoverageView (69)
coverageview (1)
covr (29)
covRNA (59)
CovSel (0)
cowplot (84)
coxme (1)
coxphf (1)
CoxPhLb (1)
coxphw (1)
cplm (1)
cpm (1)
cpp11 (204)
cpvSNP (59)
cqn (291)
cranlogs (1)
crayon (120)
crch (1)
createKEGGdb (1)
creatr (1)
credentials (44)
crew (3)
crew.cluster (1)
CRImage (83)
CRISPR.shinyapp (0)
CRISPRball (33)
crisprBase (162)
crisprBowtie (155)
crisprBwa (58)
crisprDesign (139)
crisprDesignData (0)
crisprScore (167)
CRISPRseek (162)
crisprseekplus (28)
crisprShiny (19)
CrispRVariants (137)
crisprVerse (80)
crisprViz (119)
crlmm (266)
cronR (1)
crop (1)
crossdes (1)
CrossICC (3)
crossmatch (1)
crossmeta (183)
crosstable (1)
crosstalk (119)
crrri (0)
crrry (0)
crul (58)
CSAR (80)
csar (1)
csaw (601)
csawBook (4)
csdR (48)
csSAM (0)
CSSP (25)
CSSQ (50)
csv (1)
ctc (282)
CTdata (45)
CTDquerier (57)
CTexploreR (20)
ctgGEM (5)
ctmle (0)
cTRAP (73)
ctree (0)
ctsGE (61)
CTSV (60)
cubature (1)
cubelyr (0)
Cubist (1)
cummeRbund (233)
cummerbund (1)
CuratedAtlasQueryR (59)
curatedMetagenomicData (0)
curatedTCGAData (1)
curl (393)
customCMPdb (69)
customProDB (91)
cvar (1)
cvAUC (1)
CVE (7)
cvms (1)
CVST (1)
CVXR (1)
cxAnalysis (0)
cyanoFilter (54)
cycle (63)
cyclocomp (22)
cydar (91)
cyphr (1)
cypress (16)
CytoDx (78)
cytofast (6)
cytofit (1)
cytofkit (23)
CyTOFpower (53)
cytofQC (62)
CytoGLMM (98)
cytoKernel (64)
cytolib (2790)
cytomapper (325)
CytoMDS (16)
cytoMEM (96)
CytoML (460)
CytoPipeline (100)
CytoPipelineGUI (35)
CytoTRACE (1)
CytoTree (14)
Cytotree (0)
cytoviewer (101)

D

D0.db (0)
D2C (1)
d3Network (0)
d3r (1)
d3treeR (1)
dada2 (2276)
dae (0)
daff (1)
dagitty (1)
dagLogo (84)
DAISIE (1)
DALEX (1)
DALEX2 (1)
daMA (58)
DAMEfinder (60)
DaMiRseq (123)
Damsel (8)
DAPAR (135)
dapr (1)
dar (18)
DART (66)
DASC (2)
DASiR (8)
dasnormalize.iomel (1)
dasper (14)
dastools (1)
data.table (268)
data.tree (13)
DatabaseConnector (1)
DataEditR (0)
DataExplorer (1)
dataMaid (1)
datamods (9)
DataOmnio (1)
datapasta (1)
datapipeline (1)
datasets (1)
DataVisualizations (1)
datawizard (11)
date (1)
DAVIDQuery (7)
dbaccess (1)
dbarts (2)
DBChIP (17)
DBI (281)
DBItest (1)
dblplyr (1)
dbplyr (193)
dbscan (5)
dbx (8)
dcanr (141)
dcat (1)
DCATS (60)
DCchoice (1)
dcdatr (1)
dce (70)
dcGSA (53)
DChIPRep (9)
ddalpha (1)
DDCompanion (1)
ddCt (93)
ddgraph (11)
ddpcr (1)
ddPCRclust (75)
deal (0)
dearseq (191)
debCAM (63)
debrowser (177)
debugme (1)
DECENT (1)
DECIPHER (2879)
decipher (1)
DecisionCurve (1)
deco (10)
DEComplexDisease (10)
decompTumor2Sig (132)
deconfectHelpers (1)
DeconRNASeq (237)
deconstructSigs (1)
decontam (1704)
decontX (124)
deconvR (67)
decor (1)
decoupleR (1046)
decoupler (1)
DEDS (15)
Deducer (1)
deEndometrial (0)
DeepBlueR (39)
DeepPINCS (83)
deepregression (1)
deepSNV (161)
DeepTarget (2)
deeptime (1)
DEFormats (252)
DegCre (17)
DegNorm (57)
DEGraph (68)
degraph (1)
degreenet (1)
DEGreport (604)
DEGseq (163)
degseq (1)
Delaporte (1)
DelayedArray (42884)
DelayedDataFrame (65)
DelayedMatrixStats (16465)
DelayedRandomArray (92)
DelayedTensor (52)
deldir (51)
DELocal (76)
deltaCaptureC (51)
deltaGseg (58)
DeMAND (52)
DeMixT (98)
demuxmix (242)
demuxSNP (43)
dendextend (24)
dendroextras (1)
DendSer (1)
dendsort (0)
densEstBayes (8)
densityClust (1)
densvis (2738)
DEoptim (1)
DEoptimR (25)
DEP (510)
dep (1)
DepecheR (85)
DepInfeR (48)
depmap (1)
DeProViR (21)
DEqMS (231)
derfinder (574)
derfinderHelper (572)
derfinderPlot (147)
Deriv (1)
desc (124)
DEScan2 (69)
descr (1)
descsuppR (1)
DescTools (17)
DESeq (181)
deseq (0)
DESEQ (1)
DESeq2 (21727)
deseq2 (1)
designmatch (1)
DEsingle (247)
deSolve (20)
DESpace (60)
destiny (690)
DEsubs (60)
devEMF (1)
devtools (34)
devutils (1)
DEWSeq (62)
DEXICA (0)
DExMA (64)
DEXSeq (1532)
dexus (18)
dfidx (1)
dfoptim (1)
DFP (66)
DHARMa (1)
diagram (1)
DiagrammeR (3)
DiagrammeRsvg (1)
DIAlignR (56)
dials (13)
DiceDesign (11)
DiceKriging (1)
diceR (1)
dichromat (3)
did (1)
DiffBind (1087)
diffcoexp (209)
diffcyt (394)
diffdf (1)
DifferentialRegulation (56)
diffGeneAnalysis (58)
diffHic (107)
DiffLogo (67)
diffloop (26)
diffobj (4)
diffuStats (74)
diffUTR (55)
diffviewer (1)
digest (362)
diggit (56)
digitalDLSorteR (1)
dimRed (1)
Dino (58)
dinoR (15)
diptest (3)
dir.expiry (4012)
directlabels (3)
Director (48)
DirichletMultinomial (4768)
discordant (84)
DiscoRhythm (66)
DiscriMiner (0)
disk.frame (1)
dismo (1)
distances (1)
distill (1)
distillery (0)
distinct (248)
distory (1)
distr (1)
distr6 (1)
distrEx (0)
distributional (16)
DistributionUtils (3)
distro (1)
dittodb (1)
dittoSeq (1452)
DiurnalMRI (1)
divergence (47)
diveRsity (0)
djvdj (0)
dks (54)
dlm (1)
dlookr (1)
dlstats (0)
dm (1)
DMCFB (53)
DMCHMM (55)
DMRcaller (84)
DMRcate (911)
DMRcatedata (0)
DMRforPairs (25)
DMRScan (50)
dmrseq (205)
DMwR (1)
DNABarcodeCompatibility (47)
DNABarcodes (172)
DNAcopy (5139)
dnacopy (1)
DNAfusion (51)
DNaseR (5)
DNAshapeR (80)
dndscv (0)
dnet (1)
do (0)
DO.db (9)
doBy (3)
dockerfiler (1)
docopt (7)
DoE.base (1)
DoEstRare (0)
doFuture (1)
domainsignatures (12)
doMC (2)
DominoEffect (61)
doMPI (1)
doParallel (11)
doppelgangR (158)
DOQTL (10)
doRedis (1)
doRNG (3)
dorothea (1)
Doscheda (64)
DOSE (17817)
Dose (0)
DoseFinding (1)
doseR (52)
doSNOW (1)
dotCall64 (8)
dotplot (1)
dotwhisker (1)
DoubletFinder (1)
doubletrouble (67)
downlit (75)
downloader (1)
downloadthis (1)
dparser (1)
DPClust (0)
dpclust3p (0)
dpeak (21)
dplyr (234)
dplyrb (1)
dqrng (50)
dr (0)
drake (9)
drat (1)
drawProteins (206)
drc (1)
DRDID (1)
dream (0)
dreamerr (1)
dreamlet (61)
drgee (1)
DRIMSeq (308)
DriverNet (60)
DropletUtils (2628)
drosophila2probe (1)
DRR (1)
drugfindR (1)
drugTargetInteractions (61)
DrugVsDisease (140)
dsb (0)
dSimer (7)
dslabs (0)
dsr (3)
DSS (882)
dStruct (49)
DT (201)
DTA (87)
dtangle (0)
dtplyr (39)
DTRreg (0)
dttr2 (1)
dtw (1)
dtwclust (1)
dualKS (17)
duckdb (3)
duct.tape (1)
dummies (0)
Dune (47)
dunn.test (1)
DupChecker (6)
dupRadar (117)
dwrPlus (1)
dyebias (64)
dygraphs (1)
dynamicTreeCut (1)
DynDoc (1303)
dynfeature (0)
dynlm (1)
dynplot (0)
dynpred (1)
dynsbm (1)
DynTxRegime (0)
dynwrap (0)

E

e1071 (54)
earth (3)
easier (140)
EasyABC (0)
easyalluvial (1)
EasyCellType (63)
easyENTIM (1)
easylift (41)
easypar (0)
EasyqpcR (16)
easyreporting (55)
easyRNASeq (183)
easystats (3)
ebal (1)
EBarrays (220)
EBcoexpress (79)
EBImage (2723)
ebimage (1)
EBSEA (52)
EBSeq (393)
EBSeqHMM (44)
Ecdat (1)
Ecfun (1)
echarts4r (11)
ecodist (1)
ecolitk (67)
ECOSolveR (1)
ecospat (1)
Ecume (1)
EDASeq (1805)
edd (3)
EDDA (17)
edge (103)
edgeR (23305)
edger (1)
EDIRquery (41)
eds (364)
eegc (86)
effects (1)
effectsize (8)
EGAD (66)
egg (6)
egor (1)
EGSEA (168)
eha (1)
eiR (69)
eisa (16)
eisaR (117)
elasticsearchr (1)
ELBOW (15)
ellipse (28)
ellipsis (15)
elliptic (1)
ELMER (179)
ELMER.data (1)
emayili (2)
embed (1)
EMD (1)
emdbook (12)
emdist (1)
EMDomics (74)
emmeans (83)
EMMREML (1)
emoa (1)
EmpiricalBrownsMethod (133)
emstreeR (1)
emulator (1)
EMVS (1)
enc (0)
encode (1)
ENCODExplorer (9)
encryptr (0)
energy (1)
engitix.singlecell.db (1)
engitomixmk2 (0)
english (1)
EnhancedVolcano (4450)
enhancedvolcano (0)
enhancerHomologSearch (56)
EnMCB (61)
ENmix (229)
enmSdmX (1)
ENMTools (1)
EnrichedHeatmap (576)
EnrichmentBrowser (585)
enrichplot (17629)
enrichPlot (1)
enrichR (1)
enrichTF (63)
enrichViewNet (47)
enrichwith (1)
EnsDb.Hsapiens.v75 (7)
EnsDb.Hsapiens.v79 (7)
EnsDb.Hsapiens.v86 (8)
EnsDb.Mmusculus.v79 (1)
ensembldb (10093)
ensemblVEP (164)
ensurer (1)
entropy (1)
envalysis (1)
ENVISIONQuery (14)
EnvStats (1)
Epi (3)
epialleleR (60)
EpiCluster (0)
EpiCompare (44)
epidecodeR (49)
EpiDISH (612)
epigenomix (64)
epigraHMM (63)
epihet (9)
EpiMix (52)
epimutacions (63)
epiNEM (150)
EpiNow2 (3)
epiR (3)
epiregulon (19)
epiregulon.extra (17)
epistack (52)
epistasisGA (46)
EpiStats (1)
epitools (1)
EpiTxDb (86)
epivizr (131)
epivizrChart (62)
epivizrData (137)
epivizrServer (145)
epivizrStandalone (63)
epuRate (1)
eq5d (1)
equatags (1)
equate (1)
equivalence (1)
erccdashboard (80)
ergm (1)
ergm.count (0)
ergm.multi (1)
erify (1)
erma (98)
errorlocate (1)
ERSSA (60)
esATAC (92)
escape (402)
escheR (123)
esetVis (74)
esquisse (4)
estimability (25)
estimatr (1)
estmeansd (1)
etm (1)
eudysbiome (49)
eulerr (1)
europepmc (1)
evaluate (361)
EValue (2)
evaluomeR (56)
evd (3)
EventPointer (67)
eventTrack (1)
EVMS (1)
EWCE (177)
ewfutils (1)
Exact (1)
exact2x2 (1)
exactci (1)
exactextractr (1)
exactRankTests (2)
excelR (1)
ExCluster (46)
ExiMiR (61)
exomeCopy (283)
ExomeDepth (1)
exomePeak (20)
exomePeak2 (94)
exonfindR (0)
exonmap (3)
ExperimentHub (7574)
ExperimentHubData (296)
ExperimentSubset (71)
expint (1)
explorase (14)
explore (1)
ExploreModelMatrix (166)
ExplorOMICS (1)
expm (18)
ExpressionAtlas (194)
ExpressionView (16)
exprExternal (1)
expsmooth (0)
expss (5)
externalVector (3)
extraChIPs (80)
extraDistr (8)
extrafont (2)
extrafontdb (1)
extraInserts (0)
extraoperators (1)
extraTrees (0)
extRemes (0)

F

faahKO (1)
fabia (185)
fable (1)
fabletools (3)
facets (0)
facopy (6)
factDesign (65)
factoextra (5)
FactoInvestigate (1)
FactoMineR (27)
Factoshiny (1)
factR (55)
faers (23)
fail (0)
fairhub.metadata (1)
fairhub.r.client (1)
fakepackage (1)
FamAgg (77)
famat (61)
fANCOVA (2)
fansi (236)
faraway (1)
farms (43)
farver (96)
fastcluster (5)
fastDummies (22)
fasterize (1)
fastGHQuad (1)
fastICA (11)
fastLiquidAssociation (58)
fastmap (157)
fastmatch (24)
fastmatrix (1)
FastqCleaner (84)
fastqcr (1)
fastreeR (75)
fastseg (765)
fastshap (1)
fasttime (1)
fastverse (1)
faux (1)
fauxpas (1)
fBasics (2)
fbat (3)
FCBF (44)
fCCAC (58)
fCI (55)
fcoex (71)
fcScan (64)
FD (1)
fda (11)
FDb.InfiniumMethylation.hg19 (6)
fdrame (60)
fdrtool (2)
fds (7)
FEAST (116)
feasts (3)
feather (1)
FeatSeekR (42)
feature (8)
FedData (0)
fedup (52)
feisr (1)
FELLA (130)
FEM (22)
fenr (40)
fExtremes (6)
ff (16)
ffbase (0)
FField (0)
ffpe (72)
fftw (1)
fftwtools (1)
fGarch (5)
fgga (51)
FGNet (115)
fgsea (17085)
fido (1)
fields (6)
filehash (1)
filelock (67)
filesstrings (1)
FilterFFPE (60)
finalfit (1)
findIPs (21)
FindIT2 (57)
FindMyFriends (11)
findpython (12)
fineimp (1)
finetune (1)
fingerprint (1)
FISHalyseR (53)
fishHook (0)
fishMod (0)
fishpond (269)
fit.models (1)
fitdistrplus (21)
FitHiC (67)
fixest (1)
flagme (59)
flair (1)
FLAMES (76)
flashClust (1)
flexclust (1)
flexdashboard (2)
flexmix (1)
flexsurv (1)
flexsurvcure (1)
flextable (26)
flipflop (14)
float (1)
flock (1)
flowAI (561)
flowBeads (65)
flowBin (71)
flowcatchR (69)
flowCHIC (62)
flowCL (19)
flowClean (207)
flowClust (822)
flowclust (1)
flowCore (2886)
flowcore (0)
FlowCore (1)
flowCut (104)
flowCyBar (57)
flowDensity (263)
flower (1)
flowFit (16)
flowFlowJo (7)
flowFP (163)
flowGate (76)
flowGraph (51)
flowMap (44)
flowMatch (71)
flowMeans (158)
flowMerge (142)
flowPeaks (182)
flowPhyto (6)
flowPloidy (67)
flowPlots (59)
flowQ (10)
flowQB (18)
FlowRepositoryR (10)
FlowSOM (1108)
FlowSorted.Blood.450k (1)
FlowSorted.Blood.EPIC (11)
FlowSorted.CordBloodCombined.450k (11)
flowSpecs (78)
flowSpy (5)
flowStats (513)
flowTime (67)
flowTrans (89)
flowType (17)
flowUtils (39)
flowViz (1049)
flowVS (102)
flowWorkspace (1290)
flowworkspace (1)
flowWorkspaceData (1)
flux (1)
fma (0)
fmcsR (276)
FME (1)
fmrs (122)
fmsb (1)
FMStable (1)
fmtr (2)
FNN (112)
fobitools (60)
focalCall (7)
foghorn (1)
FoldGO (33)
fontawesome (107)
fontBitstreamVera (1)
fontcm (1)
fontLiberation (1)
fontquiver (1)
forcats (23)
foreach (7)
forecast (9)
foreign (61)
forestmodel (1)
forestplot (1)
forestploter (1)
fork (1)
formatR (33)
formattable (1)
formatters (5)
Formula (15)
formula.tools (1)
forrester.metadata (0)
fortunes (1)
fossil (0)
FourCSeq (11)
fpc (41)
fpp (0)
fracdiff (4)
FragPipeAnalystR (1)
frailtypack (3)
FRASER (114)
freetypeharfbuzz (1)
frenchFISH (44)
fresh (10)
FrF2 (1)
FRGEpistasis (59)
frictionless (1)
frma (155)
frmaTools (78)
fs (209)
FSA (1)
FScanR (21)
fst (1)
fstcore (1)
fTrading (1)
FunChIP (52)
FunciSNP (15)
fungible (1)
fUnitRoots (1)
funkyheatmap (1)
funOmics (2)
funtooNorm (62)
furrr (14)
FuseSOM (53)
futile.logger (1)
futile.options (1)
future (168)
future.apply (149)
future.batchtools (1)
future.callr (3)
fuzzyjoin (1)
fuzzySim (1)
fwb (1)

G

g3viz (1)
GA (72)
GA4GHclient (111)
ga4ghclient (0)
GA4GHshiny (68)
gada (0)
gaga (106)
gage (823)
gageData (1)
gaggle (43)
gaia (25)
gam (11)
GAMBLR.results (1)
GAMBoost (1)
gamboostLSS (2)
gameofthrones (1)
gamlss (3)
gamlss.add (2)
gamlss.data (2)
gamlss.dist (3)
gamlss.tr (0)
gamm4 (1)
gap (1)
gap.datasets (1)
gapfill (0)
GAPGOM (9)
gapminder (1)
GAprediction (62)
garfield (58)
gargle (67)
GARS (62)
gaston (1)
GastrographPackage (1)
GateFinder (62)
gatom (41)
gaucho (12)
gausscov (1)
gbm (74)
gbRd (1)
GBScleanR (74)
gbutils (1)
gcapc (55)
gcatest (65)
gclus (1)
gCMAP (16)
gCMAPWeb (14)
gCrisprTools (62)
gcrma (1358)
GCS (1)
GCSConnection (5)
GCSFilesystem (6)
GCSscore (20)
gdata (20)
GDCRNATools (302)
gdistance (0)
gDNAx (55)
gDR (40)
gDRcore (85)
gDRimport (88)
gDRstyle (71)
gDRutils (107)
GDSArray (171)
gdsfmt (2061)
gdsx (1)
gdtools (82)
GeDi (26)
gee (1)
geeasy (2)
geecc (8)
geepack (6)
geigen (1)
geiger (0)
GEM (60)
gemini (53)
gemma.R (64)
gemtc (1)
GenABEL (2)
GenABEL.data (2)
genArise (59)
genbankr (105)
GENE.E (12)
gene2pathway (4)
GeneAccord (9)
GeneAnswers (23)
geneAttribution (66)
GeneBreak (66)
geneClassifiers (53)
GeneExpressionSignature (85)
genefilter (12882)
genefu (420)
GeneGA (51)
GeneGeneInteR (58)
GeneGroupAnalysis (3)
geneLenDataBase (11)
GeneMeta (104)
GeneNet (0)
GeneNetworkBuilder (78)
GeneNMF (1)
GeneOverlap (466)
geneoverlap (1)
geneplast (107)
geneplotter (6514)
GeneR (5)
GeneralizedHyperbolic (2)
geneRecommender (58)
GeneRegionScan (66)
GeneRfold (2)
generics (23)
geneRxCluster (66)
GeneSelectMMD (105)
GeneSelector (15)
GENESIS (355)
genesis (0)
GeneSpring (3)
GeneStructureTools (83)
geNetClassifier (148)
genetclassifier (1)
genetics (1)
GeneticsBase (3)
geneticsbase (0)
GeneticsDesign (14)
GeneticsPed (102)
GeneTonic (298)
GeneTraffic (3)
GeneTS (3)
geneXtendeR (113)
GENIE3 (1194)
genoCN (58)
GenoGAM (11)
genomation (670)
genomationdata (1)
genomationData (1)
GenomAutomorphism (42)
GenomeBase (1)
GenomeGraphs (21)
GenomeInfoDb (58303)
GenomeInfoDB (1)
GenomeInfoDbData (21)
genomeinfodbdata (1)
genomeIntervals (180)
GenomelnfoDb (0)
genomes (76)
GenomicAlignments (24292)
genomicalignments (1)
GenomicDataCommons (1168)
GenomicDistributions (101)
GenomicDistributionsData (1)
GenomicFeatures (20311)
genomicfeatures (1)
GenomicFiles (1322)
genomicInstability (58)
GenomicInteractionNodes (50)
GenomicInteractions (376)
GenomicOZone (75)
GenomicPlot (62)
GenomicRanges (43733)
genomicranges (0)
genomicRanges (1)
GenomicScores (695)
GenomicSuperSignature (65)
GenomicTools (0)
GenomicTuples (54)
Genominator (16)
GenOrd (1)
genoset (23)
genotypeeval (16)
GenoView (2)
genphen (9)
GenProSeq (44)
GenRank (7)
GenSA (2)
GenVisR (275)
geobr (1)
geodata (1)
GeoDiff (75)
geodiv (1)
GEOexplorer (64)
GEOfastq (79)
geohashTools (1)
geojson (1)
geojsonio (1)
geojsonlint (1)
geojsonsf (1)
GEOmap (9)
GEOmetadb (246)
geometadb (0)
geometries (22)
geometry (1)
geomorph (1)
geomtextpath (1)
GeomxTools (408)
GEOquery (9382)
geoquery (1)
GEoquery (1)
geoR (1)
geos (1)
GEOsearch (4)
geosphere (12)
GEOsubmission (67)
GeoTcgaData (100)
gep2pep (55)
gert (75)
gespeR (88)
gestalt (7)
gestate (1)
getDEE2 (52)
getip (1)
getopt (26)
GetoptLong (3)
getPass (3)
getSVCNVperGene0.94 (0)
gettz (1)
geva (48)
GEWIST (53)
gff3Plotter (2)
gfonts (1)
gg4way (40)
ggalluvial (1)
GGally (19)
ggalt (1)
gganimate (1)
GGBase (18)
ggbeeswarm (4)
ggbio (2167)
ggbreak (1)
ggchicklet (1)
ggcorrplot (2)
ggcyto (900)
ggdag (1)
ggdendro (16)
ggdensity (1)
ggdist (6)
gge (1)
ggeasy (1)
ggedit (1)
ggeffects (3)
ggExtra (5)
ggfittext (2)
ggforce (31)
ggforestplot (0)
ggformula (31)
ggfortify (2)
ggfun (57)
gggenes (0)
ggh4x (2)
gghalves (1)
gghighlight (1)
ggimage (1)
gginnards (1)
ggiraph (7)
ggiraphExtra (1)
ggkegg (286)
ggm (1)
ggmanh (177)
ggmap (14)
ggmosaic (1)
ggmsa (522)
ggnetwork (1)
ggnewscale (40)
ggnewscales (0)
gGnome (0)
ggokabeito (1)
GGPA (48)
ggpattern (1)
ggplot (1)
ggplot2 (326)
ggplot2movies (1)
ggplotify (30)
ggpmisc (6)
ggPMX (1)
ggpointdensity (7)
ggpp (7)
ggprism (1)
ggpubr (24)
ggRandomForests (0)
ggrap2 (1)
ggraph (25)
ggraph2 (1)
ggrastr (8)
ggrepel (220)
ggridges (34)
ggsankey (1)
ggsc (53)
ggsci (60)
ggseqalign (2)
ggseqlogo (16)
ggside (5)
ggsignif (11)
ggspavis (162)
ggstance (2)
ggstats (5)
ggstatsplot (3)
ggsurvfir (0)
ggsurvfit (2)
ggtern (44)
ggtext (3)
ggthemes (13)
GGtools (20)
ggtree (20868)
ggtreeDendro (61)
ggtreeExtra (1056)
ggtreeSpace (15)
ggupset (1)
ggvegan (1)
ggvenn (1)
ggVennDiagram (2)
ggvis (1)
ggwordcloud (1)
gh (96)
ghpm (1)
ghql (0)
gifski (1)
GIGSEA (48)
GillespieSSA (0)
gimme (0)
ginmappeR (17)
gINTomics (12)
Giotto (1)
girafe (93)
GISPA (42)
git2r (18)
gitcreds (22)
gitlabr (1)
GLAD (221)
GladiaTOX (52)
glasso (0)
glassoFast (1)
glca (1)
gld (1)
Glimma (1200)
gllvm (0)
glmGamPoi (4266)
GLMMadaptive (1)
glmmADMB (0)
glmmML (1)
glmmTMB (2)
glmnet (24)
glmnetUtils (11)
glmperm (1)
glmSparseNet (175)
glmx (1)
GlobalAncova (1106)
GlobalOptions (1)
globals (48)
globals, (0)
globalSeq (56)
globaltest (1869)
GloScope (42)
glpgStyle (0)
glpgTesteR (0)
glpkAPI (1)
glue (155)
gmailr (2)
gmapR (172)
gMCP (1)
GmicR (68)
Gmisc (1)
gmm (1)
gmnl (1)
gmodels (2)
gmoviz (55)
gmp (16)
GMRP (55)
gmthemes (1)
GNET2 (54)
gnm (1)
gnomAD (1)
GNOSIS (51)
GO.db (16)
goCluster (1)
GOdb (1)
godmode (1)
GOexpress (88)
goftest (1)
GOfuncR (319)
GOFunction (15)
golem (7)
golubEsets (1)
gomms (0)
gongs (1)
goodpractice (1)
googleAuthR (3)
googleCloudStorageR (1)
googledrive (52)
GoogleGenomics (6)
googlesheets (1)
googlesheets4 (59)
googleVis (2)
GOplot (0)
GOpro (152)
goProfiles (126)
GOSemSim (17071)
goseq (1253)
goshawk (1)
GOSim (110)
goSorensen (63)
goSTAG (63)
GOstats (1737)
gostats (1)
GOsummaries (47)
GOTHiC (84)
goTools (65)
gower (16)
GPA (53)
GPArotation (17)
gpart (16)
GPfit (1)
gplots (98)
gpls (201)
gprege (15)
gprofiler2 (2)
gpuMagic (54)
gQTLBase (13)
gQTLstats (11)
GrafGen (16)
grafify (1)
gRain (1)
gralarkivar (1)
gramm4R (4)
GRaNIE (142)
granny (1)
granulator (120)
graper (52)
grapg (1)
graph (18880)
GraphAlignment (60)
GraphAT (67)
graphat (1)
GraphGallery (1)
graphics (1)
graphiQs (1)
graphite (3059)
graphlayouts (47)
GraphPAC (105)
graphql (1)
grates (1)
gRbase (1)
grDevices (1)
greekLetters (1)
Greg (1)
GRENITS (60)
greybox (1)
GreyListChIP (1015)
grf (1)
grid (1)
gridBase (1)
gridExtra (1)
gridGraphics (2)
gridpattern (1)
gridSVG (1)
gridtext (3)
grImport (1)
grImport2 (1)
GRmetrics (87)
groHMM (76)
groupdata2 (1)
grpreg (1)
grr (1)
GRridge (15)
GSA (1)
gsalib (0)
GSALightning (55)
GSAR (101)
gsbDesign (1)
GSCA (61)
gscounts (1)
gscreend (48)
gsDesign (1)
GSEABase (8918)
gseabase (0)
GSEAbase (1)
GSEABenchmarkeR (84)
GSEAlm (81)
GSEAmining (66)
gsean (62)
GSgalgoR (51)
gsignal (1)
gsl (3)
gsmoothr (6)
gson (5)
gsrc (0)
GSReg (63)
GSRI (64)
gss (4)
gstat (1)
gsubfn (1)
GSVA (6348)
GSVAdata (1)
gsw (0)
gt (17)
gtable (186)
gtExtras (1)
gto (1)
gtools (46)
gtrellis (133)
gtsummary (3)
gtx (0)
gubraqsar (0)
GUIDEseq (81)
Guitar (131)
GUniFrac (2)
gupio (1)
gUtils (0)
GUTS (0)
Gviz (3903)
GWAS.BAYES (58)
gwascat (633)
GWASExactHW (7)
gwasglue (1)
gwasrapidd (1)
GWASTools (601)
gwasurvivr (91)
gwasvcf (1)
GWENA (212)
gWidgets (1)
gWidgets2tcltk (0)
gWidgetstcltk (1)
gypsum (762)

H

h2o (4)
h5vc (90)
HAC (1)
hahmmr (1)
hal9001 (1)
HandTill2001 (1)
hapFabia (60)
haplo.stats (1)
HaploBlocker (1)
HaploSim (0)
haplotrackR (1)
hardhat (53)
HardyWeinberg (1)
Harman (175)
HarmonizR (51)
harmony (6)
Harshlight (74)
hash (2)
haven (98)
hca (63)
HCABrowser (5)
HCAExplorer (3)
HCAMatrixBrowser (2)
HCsnip (11)
HDCytoData (1)
hdf4r (1)
hdf5 (1)
HDF5Array (13355)
hdf5r (8)
hdi (1)
HDInterval (12)
HDLSSkST (1)
hdm (0)
hdnom (1)
HDO.db (7)
hdrcde (7)
HDTD (50)
hdxmsqc (5)
heatmap.plus (0)
heatmap3 (0)
heatmaply (17)
heatmaps (293)
Heatplus (434)
heemod (1)
HelloRanges (135)
HELP (59)
helperMut (0)
HEM (57)
heplots (1)
here (2)
hermes (132)
HERON (36)
Herper (152)
hexbin (21)
hexSticker (1)
hexView (1)
HGC (66)
HGNChelper (1)
hgu133a.db (2)
hgu133plus2.db (8)
hgu133plus2cdf (1)
hgu219.db (0)
hgu95a.db (1)
hgu95av2.db (2)
hgu95av2cdf (0)
hgug4112a.db (0)
hiAnnotator (110)
HIBAG (126)
HicAggR (15)
HiCBricks (152)
hicbricks (0)
HiCcompare (278)
HiCDCPlus (86)
HiCDOC (106)
HiCExperiment (153)
HiClimR (0)
HiContacts (108)
HiCool (71)
hicrep (11)
hicVennDiagram (41)
hierfstat (0)
hierGWAS (63)
hierinf (46)
highcharter (1)
highlight (0)
highr (106)
highs (1)
HilbertCurve (95)
HilbertVis (184)
HilbertVisGUI (40)
HiLDA (72)
hipathia (160)
HIPPO (50)
hiReadsProcessor (68)
HIREewas (51)
HiTC (136)
HiTME (1)
hmdbQuery (74)
Hmisc (34)
HMMcopy (282)
hms (75)
hoardr (1)
HoloFoodR (1)
Homo.sapiens (6)
hoodscanR (54)
Hoover (1)
hopach (338)
HPAanalyze (128)
hpar (272)
HPAStainR (12)
HPC.R.Utilities (1)
HPiP (54)
hrbrthemes (2)
HSAUR (1)
HSAUR2 (1)
HSAUR3 (1)
hsm (0)
HSMMSingleCell (2)
htmlTable (27)
htmltools (345)
htmlwidgets (196)
HTqPCR (148)
HTSanalyzeR (17)
HTSeqGenie (56)
htSeqTools (16)
HTSFilter (217)
htslib (0)
httpcode (1)
httpgd (1)
httptest (3)
httptest2 (1)
httput (1)
httpuv (301)
httr (167)
httr2 (112)
HubPub (120)
huge (1)
hugene10sttranscriptcluster.db (2)
HumanTranscriptomeCompendium (51)
hummingbird (46)
hunspell (5)
huxtable (3)
hwriter (2)
HWxtest (0)
HybridExpress (31)
HybridMTest (131)
hydroPSO (1)
hypeR (88)
hyperdraw (116)
hypergate (1)
hypergeo (1)
hypergraph (163)
hyperSpec (1)
hypred (1)

I

IAPWS95 (1)
iASeq (55)
iasva (66)
iatlasGraphQLClient (1)
iBBiG (125)
ibh (56)
iBMQ (49)
iBreakDown (1)
iC10 (1)
ica (3)
iCARE (136)
icenReg (1)
Icens (475)
icetea (57)
iCheck (56)
iChip (55)
ichorCNA (0)
iCiteR (1)
iCluster (1)
iClusterPlus (375)
iCNV (64)
iCOBRA (196)
ICS (1)
ICSNP (1)
ICSOutlier (1)
IDEAFilter (1)
ideal (104)
IdeoViz (70)
ideoviz (1)
idiogram (61)
IdMappingAnalysis (12)
IdMappingRetrieval (15)
idorsiaQC (1)
IDPmisc (3)
idpr (66)
idr (0)
idr2d (55)
ids (1)
ieugwasr (0)
IFAA (48)
iFlow (3)
ifultools (1)
iGasso (0)
iGC (59)
IgGeneUsage (50)
igraph (173)
igraphdata (1)
igvR (114)
igvShiny (19)
iheatmapr (4)
IHW (716)
ijtiff (1)
Illumina450ProbeVariants.db (1)
IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19 (8)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (6)
IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19 (6)
IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19 (6)
IlluminaHumanMethylationEPICmanifest (6)
IlluminaHumanMethylationEPICv2manifest (1)
illuminaHumanv1.db (1)
illuminaio (2982)
ILoReg (46)
imageHTS (23)
imager (2)
imagerExtra (0)
IMAS (60)
imbalance (1)
imcRtools (224)
Imetagene (8)
iml (1)
IMMAN (52)
immunarch (1)
ImmuneSpaceR (57)
immunoClust (69)
immunogenViewer (0)
immunotation (52)
IMPCdata (49)
impmap (1)
import (2)
ImpulseDE (7)
ImpulseDE2 (13)
impute (10581)
imputeTS (1)
IncDTW (1)
incidence (3)
incidence2 (1)
IncidencePrevalence (1)
INDEED (48)
ineq (0)
iNETgrate (49)
iNEXT (1)
infer (16)
infercnv (1088)
inferCNV (0)
infinityFlow (76)
influenceR (1)
InformationValue (1)
Informeasure (42)
infotheo (1)
ingredients (1)
ini (1)
InkblotAnalytics (12)
INLA (0)
inline (1)
inlinedocs (1)
InPAS (70)
INPower (65)
InraeThemes (1)
insight (15)
inSilicoDb (13)
inSilicoMerging (15)
INSPEcT (70)
installr (1)
INTACT (49)
InTAD (58)
intamap (1)
intansv (82)
interacCircos (63)
InteractionSet (1919)
InteractiveComplexHeatmap (401)
interactiveDisplay (105)
interactiveDisplayBase (9377)
interactomes (1)
InterCellar (77)
IntEREst (73)
intergraph (1)
InterMineR (91)
interp (15)
interpretR (0)
interval (1)
intervals (6)
IntOMICS (30)
IntramiRExploreR (52)
inum (3)
inveRsion (16)
invgamma (1)
IONiseR (77)
iontree (12)
iotools (1)
iPAC (133)
ipaddress (1)
iPath (43)
IPCAPS (1)
ipcwswitch (1)
ipdDb (140)
IPDfromKM (1)
ipmisc (0)
IPO (138)
IPPD (14)
ipred (31)
ips (1)
iptmnetr (1)
ipw (1)
iq (1)
irace (0)
IRanges (52136)
iranges (1)
iRanges (1)
IRdisplay (1)
IRISFGM (73)
IrisSpatialFeatures (4)
IRkernel (0)
irlba (18)
irr (1)
ISAnalytics (57)
iSEE (466)
iSEEde (59)
iSEEfier (19)
iSEEhex (146)
iSEEhub (145)
iSEEindex (49)
iSEEpathways (46)
iSEEtree (0)
iSEEu (114)
iSeq (54)
ISLET (52)
ISLR (1)
iSNetwork (2)
Iso (1)
isoband (46)
isobar (86)
IsoBayes (36)
ISOcodes (1)
IsoCorrectoR (116)
IsoCorrectoRGUI (62)
IsoformSwitchAnalyzeR (263)
IsoGeneGUI (17)
ISoLDE (46)
isomiRs (168)
iSPlot (2)
isva (6)
ISwR (1)
ITALICS (63)
ITALICSData (1)
iterativeBMA (62)
iterativeBMAsurv (55)
iterativebmasurv (0)
iterators (7)
iterClust (42)
iteremoval (9)
itertools (1)
ITKR (1)
itsadug (1)
IVAS (81)
ivpack (0)
ivprobit (1)
ivreg (1)
ivs (1)
ivygapSE (53)
IWTomics (68)

J

JADE (1)
jagsUI (1)
janeaustenr (3)
janitor (4)
JASPAR2016 (1)
JASPAR2018 (3)
JASPAR2020 (7)
JavaGD (1)
JBrowseR (1)
JBTools (0)
jcolors (1)
JGR (1)
jiebaR (0)
jiebaRD (0)
JM (1)
JMbayes (1)
jmosaics (8)
jnjtemplates (1)
job (1)
joda (14)
Johnson (1)
joineRML (1)
jomo (1)
jonasrscripts (1)
jose (1)
jpeg (15)
jqr (9)
jquerylib (2)
js (1)
jskm (1)
jsonify (1)
jsonlite (242)
jsonvalidate (1)
jsTreeR (1)
jtools (1)
juicyjuice (1)
JuliaCall (0)
JunctionSeq (13)

K

kableExtra (18)
kangar00 (1)
karyoploteR (883)
KaryoploteR (0)
karyoploter (1)
katdetectr (63)
katex (1)
KBoost (46)
KCsmart (66)
kebabs (147)
kedd (0)
KEGG.db (1)
KEGGgraph (5622)
kegggraph (0)
KEGGlincs (71)
keggorth (2)
keggorthology (176)
KEGGprofile (22)
KEGGREST (36803)
keggrest (1)
KEGGSOAP (6)
keggsvg (1)
Kendall (1)
keras (8)
KernelKnn (1)
kernlab (6)
KernSmooth (71)
keyring (6)
KFAS (1)
khroma (1)
kimod (7)
kinship2 (1)
KinSwingR (55)
kissDE (63)
kit (1)
kknn (1)
klaR (3)
km.ci (2)
kmcut (0)
kmed (1)
kmknn (0)
kml (1)
kml3d (1)
kmlShape (1)
KMsurv (1)
knitr (298)
knitrdata (1)
knockoff (1)
KnowSeq (60)
knowYourCG (14)
KODAMA (0)
kohonen (1)
kpmt (0)
kriging (1)
ks (7)
kSamples (2)
ktplots (1)
kutils (1)
kyotil (1)

L

l2p (1)
labdsv (1)
labeling (155)
labelled (11)
LACE (146)
laeken (2)
Lahman (1)
lambda.r (1)
lambdr (1)
LambertW (3)
lamW (3)
landscapemetrics (1)
languageserver (1)
LaplacesDemon (1)
lapmix (55)
lars (1)
lasso2 (1)
lastdose (1)
latentnet (1)
later (170)
latex2exp (1)
lattice (189)
latticeExtra (10)
lava (51)
lavaan (27)
lavaSearch2 (1)
lazy (1)
lazyeval (11)
lbaQcCheck (1)
LBE (228)
lbfgs (1)
lbfgsb3c (1)
lcopula (1)
lda (1)
ldap (1)
ldblock (86)
LDheatmap (1)
LDlinkR (1)
LDplots (1)
LEA (527)
leafcutter (0)
leafem (2)
leaflegend (3)
leaflet (7)
leaflet.extras (3)
leaflet.minicharts (0)
leaflet.providers (3)
leafpop (1)
leaps (4)
LearnBayes (1)
learnr (6)
LedPred (50)
lefser (574)
leiden (23)
leidenAlg (1)
leidenbase (12)
lemon (2)
lemur (64)
les (95)
levi (48)
lfa (291)
lfda (1)
lfe (1)
lgr (1)
lhs (13)
liana (1)
libcoin (4)
libgeos (1)
LiblineaR (12)
libr (1)
libwebp (1)
lifecycle (205)
liger (1)
lightgbm (2)
limma (32162)
limmaGUI (76)
limmia (1)
limpca (17)
limSolve (1)
LINC (8)
LineagePulse (37)
lineagespot (50)
LinkHD (58)
LinMod2 (1)
Linnorm (231)
linprog (1)
LinTInd (53)
lintr (81)
lionessR (55)
lipidr (191)
LiquidAssociation (87)
liquidSVM (0)
lisaClust (139)
listenv (50)
listviewer (1)
littler (1)
lixoftConnectors (0)
lixoftConnectors.1 (0)
lixoftConnectors.2 (0)
lle (0)
lm.beta (1)
lmdme (58)
lme4 (129)
lmerTest (1)
LMGene (15)
LMI (1)
lmodel2 (1)
lmom (14)
lmomco (1)
Lmoments (1)
lmtest (5)
LOBSTAHS (81)
lobstr (3)
locfdr (0)
locfit (81)
loci2path (59)
log4r (5)
logcondens (1)
logger (10)
logging (1)
logicFS (88)
LogicReg (1)
logistf (12)
logitnorm (1)
logitr (1)
logitT (30)
logitt (1)
Logolas (9)
logolas (0)
logr (1)
logrrr (1)
logrx (1)
logspline (1)
lokern (1)
lol (11)
LOLA (304)
longitudinal (0)
longitudinalData (1)
longmemo (0)
loo (15)
LoomExperiment (616)
lotri (1)
loupeR (1)
LowMACA (16)
LowRankQP (1)
LPE (91)
LPEadj (39)
lpNet (75)
lpridge (1)
lpSolve (15)
lpSolveAPI (1)
lpsymphony (1070)
lqa (0)
lqmm (1)
LRBaseDbi (123)
LRcell (53)
lsa (9)
LSAF (1)
lsei (2)
lsmeans (1)
lubridate (93)
lumi (1168)
Luminescence (1)
lute (18)
lvec (1)
LVSmiRNA (15)
lwgeom (3)
LymphoSeq (67)

M

m03modeldevelopment (1)
M3C (713)
M3D (9)
M3Drop (639)
m6Aboost (45)
maanova (21)
Maaslin2 (1025)
maboost (1)
Macarron (91)
macat (44)
maCorrPlot (58)
MACPET (10)
macrophage (1)
MACSQuantifyR (47)
MACSr (111)
maDB (4)
made4 (267)
maditr (1)
madness (1)
MADSEQ (56)
maftools (2569)
MAGAR (169)
MAGeCKFlute (371)
mageckflute (1)
magic (2)
magick (15)
magpie (52)
magrene (54)
magrittr (20)
MAI (58)
maic (1)
maicChecks (1)
maigesPack (42)
mailR (0)
MAIT (85)
makecdfenv (178)
makePlatformDesign (3)
maketools (1)
MALDIquant (3)
manipulate (1)
manipulateWidget (1)
MANOR (59)
manta (15)
MantelCorr (52)
mantelcorr (0)
maotai (1)
mapbayr (1)
mapdata (1)
MAPFX (20)
mAPKL (12)
mapplots (1)
mapproj (1)
maPredictDSC (62)
maps (11)
mapscape (54)
maptools (20)
maptree (1)
mapview (2)
marginaleffects (1)
margins (1)
mariner (59)
Markdown (0)
markdown (90)
markovchain (1)
marqLevAlg (1)
marr (54)
marray (1920)
martini (58)
maser (131)
maSigPro (254)
maskBAD (62)
MASS (299)
MassArray (54)
massdataset (1)
massiR (62)
MassSpecWavelet (1952)
masstools (1)
MAST (2099)
mastR (143)
matchBox (57)
Matching (3)
MatchIt (4)
matchprobes (2)
MatchThem (1)
mathjaxr (2)
matlib (1)
Matrix (387)
matrix (1)
Matrix.utils (1)
matrixcalc (1)
MatrixEQTL (1)
MatrixExtra (1)
MatrixGenerics (40358)
MatrixModels (105)
MatrixQCvis (155)
MatrixRider (63)
matrixStats (173)
matrixTests (1)
matter (217)
MaxContrastProjection (9)
maxLik (1)
maxstat (1)
MBA (8)
MBAmethyl (43)
MBASED (57)
MBCB (57)
MBCluster.Seq (1)
MBECS (74)
mbend (1)
MBESS (1)
mbkmeans (440)
mbOmic (10)
mboost (3)
mBPCR (63)
MBQN (57)
mbQTL (50)
MBttest (53)
mc2d (2)
mcaGUI (15)
MCbiclust (56)
mclogit (1)
mclust (15)
mclustcomp (1)
mcmc (1)
mcmcabn (1)
MCMCglmm (1)
MCMCpack (2)
MCMCprecision (1)
MCPcounter (0)
mcr (8)
MCRestimate (15)
mCSEA (108)
mctq (1)
mcv (1)
mda (1)
mdgsa (10)
mdmb (1)
mdp (58)
mdqc (104)
MDTS (49)
MEAL (86)
MeasurementError.cor (55)
measurements (1)
measures (1)
MEAT (49)
MEB (50)
medflex (0)
mediation (1)
MEDIPS (112)
MEDME (57)
megadepth (123)
MEIGOR (57)
Melissa (54)
memes (213)
memisc (1)
memoise (17)
MEMSS (1)
memuse (1)
MendelianRandomization (3)
merDeriv (1)
merge (1)
MergeMaid (17)
Mergeomics (67)
merTools (1)
MeSHDbi (262)
meshes (151)
meshr (144)
MeSHSim (2)
MesKit (75)
MESS (2)
messina (59)
meta (1)
metaArray (15)
metaarray (1)
Metab (51)
metabaser (1)
metabCombiner (67)
metabinR (45)
metaBLUE (1)
metaBMA (1)
MetaboAnalystR (1)
MetaboAnnotation (231)
MetaboCoreUtils (1575)
metabolomics (1)
metabolomicsWorkbenchR (81)
metabomxtr (58)
MetaboReport (1)
MetaboSignal (127)
metaCCA (175)
metacore (1)
MetaCyto (78)
metadat (1)
metafor (5)
metagene (28)
metagene2 (70)
metagenomeFeatures (9)
metagenomeSeq (1694)
MetaGxOvarian (2)
metahdep (59)
metaMA (8)
metaMS (123)
MetaNeighbor (92)
metap (11)
MetaPhOR (63)
metaplot (1)
metaplus (1)
metapod (4866)
metapone (63)
metaSeq (71)
metaseqR (19)
metaseqR2 (64)
MetaSKAT (0)
metatools (1)
MetaUtility (1)
metavizr (13)
MetaVolcanoR (53)
metaX (3)
MetCirc (80)
MethCP (7)
methimpute (63)
methInheritSim (72)
methodical (15)
methods (1)
MethPed (56)
MethReg (68)
methrix (86)
MethTargetedNGS (53)
methVisual (14)
methyAnalysis (21)
MethylAid (93)
methylCC (73)
methylclock (154)
methylclockData (1)
methylGSA (116)
methyLImp2 (16)
methylInheritance (67)
methylKit (640)
MethylMix (97)
methylMnM (77)
methylPipe (129)
methylscaper (82)
MethylSeekR (141)
methylSig (78)
methylumi (1492)
methyvim (9)
MetID (57)
metid (1)
MetNet (54)
metpath (1)
MeTPeak (1)
metR (1)
Metrics (1)
metrumrg (1)
mets (1)
mev (1)
mfa (94)
mFilter (1)
Mfuzz (1243)
mfuzz (0)
mfx (1)
mg14 (0)
mgcv (251)
MGFM (63)
MGFR (67)
mgm (1)
MGnifyR (20)
mgsa (109)
mgvc (1)
mhsmm (1)
mhurdle (1)
mi (0)
mia (1509)
miaSim (91)
miaViz (247)
mice (14)
miceadds (1)
MiChip (55)
MicrobaCommunityProfileReader (1)
microbenchmark (1)
microbiome (1690)
MicrobiomeAnalystR (1)
microbiomeDASim (60)
microbiomeExplorer (83)
microbiomeMarker (393)
MicrobiomeProfiler (121)
MicrobiotaProcess (529)
microeco (1)
micromap (1)
microRNA (161)
microseq (1)
Microsoft365R (1)
microSTASIS (48)
MICSQTL (41)
midasHLA (54)
MIGSA (14)
MIIVsem (0)
miloR (287)
mimager (67)
mime (24)
MIMOSA (27)
mimosa (1)
mina (47)
MineICA (80)
minerva (0)
minet (805)
minfi (2424)
minfiData (1)
MinimumDistance (83)
miniUI (1)
minpack.lm (5)
minqa (103)
MiPP (63)
miQC (111)
MIRA (122)
MiRaGE (70)
mirai (3)
miRBaseConverter (104)
miRcomp (56)
mirIntegrator (69)
MIRit (31)
miRLAB (73)
miRmine (40)
miRNAmeConverter (61)
miRNApath (67)
miRNAtap (156)
miRSM (44)
miRsponge (6)
miRspongeR (37)
Mirsynergy (12)
mirt (14)
mirTarRnaSeq (65)
misc3d (1)
miscTools (1)
missForest (1)
missMDA (1)
missMethyl (994)
missRanger (1)
missRows (55)
misty (1)
mistyR (88)
mitch (64)
mitml (1)
mitoClone2 (72)
mitoODE (12)
mitools (1)
mix (1)
mixOmics (2742)
mixsqp (21)
mixtools (1)
mixture (1)
MKmisc (1)
mlbench (12)
MLEcens (1)
mlegp (1)
mlfa (1)
mlflow (1)
MLInterfaces (417)
mlm4omics (3)
MLmetrics (1)
mlmm (1)
mlmm.gwas (0)
mlmRev (1)
mlogit (1)
MLP (154)
mlpack (1)
mlr (1)
mlr3 (2)
mlr3cluster (1)
mlr3data (1)
mlr3filters (1)
mlr3fselect (1)
mlr3hyperband (1)
mlr3learners (1)
mlr3measures (1)
mlr3misc (1)
mlr3pipelines (1)
mlr3proba (1)
mlr3spatiotempcv (1)
mlr3tuning (1)
mlr3tuningspaces (1)
mlr3verse (1)
mlr3viz (1)
MLSeq (159)
mlt (1)
mltools (0)
mma (1)
MMAPPR2 (17)
MMDiff (9)
MMDiff2 (53)
mmgmos (2)
mmnet (9)
MmPalateMiRNA (16)
mmrm (40)
MMUPHin (131)
mnem (155)
mnormt (16)
MNP (0)
moanin (159)
mobileRNA (18)
MobilityTransformR (60)
mobster (0)
mockery (3)
mockr (1)
MODA (60)
ModCon (46)
modeest (1)
modelbased (3)
modeldata (15)
modelenv (1)
ModelMetrics (2)
modelObj (0)
modelr (41)
ModelR (1)
modelsummary (1)
modeltests (1)
modeltime (0)
modeltime.ensemble (1)
modeltools (1)
modetest (1)
modEvA (1)
MODIStsp (2)
Modstrings (208)
modules (5)
MOFA (6)
MOFA2 (472)
MOGAMUN (53)
mogsa (194)
moleculaR (1)
MoleculeExperiment (74)
MOMA (58)
moments (3)
Momocs (1)
monaLisa (145)
mondate (1)
mongolite (1)
monkey (1)
monocle (3152)
monocle3 (1)
MonoPhy (1)
Moonlight2R (50)
MoonlightR (80)
MoPS (8)
morpheus (1)
Morpho (1)
mosaic (1)
mosaicCore (31)
mosaicData (1)
mosaics (146)
mosbi (50)
mosdef (16)
MOSim (60)
Motif2Site (49)
motifbreakR (213)
motifcounter (60)
MotifDb (686)
motifmatchr (1373)
motifRG (16)
motifStack (741)
motifTestR (29)
MotIV (28)
mouse4302.db (0)
MouseFM (137)
MouseGastrulationData (1)
MPA (1)
MPAC (2)
mpath (0)
MPFE (47)
MplusAutomation (1)
mpm (1)
mpn.scorecard (1)
mppR (0)
mpra (62)
MPRAnalyze (69)
MPV (1)
MQmetrics (37)
mQTL.NMR (5)
mratios (1)
mrgda (1)
mrggsave (1)
mrgmisc (1)
mrgsolve (1)
mrgvalidate (1)
mrgvalprep (1)
msa (1554)
MSA2dist (128)
msatR (1)
MsBackendMassbank (79)
MsBackendMgf (436)
MsBackendMsp (307)
MsBackendRawFileReader (64)
MsBackendSql (70)
MsCoreUtils (3661)
msdata (1)
MsDataHub (65)
MSEADbi (4)
MsExperiment (1244)
MsFeatures (1705)
msgbsR (69)
MSGFgui (10)
MSGFplus (13)
msigdb (1)
msigdbr (5)
msImpute (144)
mslp (42)
msm (6)
msmsEDA (291)
msmsTests (276)
MSnbase (3336)
msnbase (0)
Msnbase (1)
MSnID (278)
MSPrep (141)
msPurity (77)
msQC (0)
msqrob2 (150)
MsQuality (64)
MSstats (498)
MSstatsBig (37)
MSstatsConvert (469)
MSstatsLiP (80)
MSstatsLOBD (58)
MSstatsPTM (200)
MSstatsQC (81)
MSstatsQCgui (48)
MSstatsSampleSize (18)
MSstatsShiny (107)
MSstatsTMT (292)
MSstatsTMTPTM (4)
MSstatsTMTs (0)
mstate (1)
MSwM (1)
mtbls2 (0)
MTseeker (4)
MuData (61)
muhaz (1)
Mulcom (74)
mulcom (1)
multcomp (82)
multcompView (22)
multgee (1)
MultiAssayExperiment (5662)
MultiBaC (74)
multiClust (91)
multicool (5)
multicrispr (61)
multicross (1)
MultiDataSet (1284)
multidplyr (0)
multiGSEA (141)
multiHiCcompare (174)
MultiMed (57)
multiMiR (232)
MultimodalExperiment (41)
multimode (1)
multinichenetr (0)
multinma (1)
multiOmicsViz (40)
multipanelfigure (1)
MultiRNAflow (58)
multiscan (56)
multiSight (65)
multistateQTL (14)
multiwayvcov (1)
multiWGCNA (63)
multtest (12639)
MuMIn (1)
mumosa (73)
MungeSumstats (1059)
munsell (74)
muscat (473)
muscData (1)
muscle (332)
musicatk (85)
MutationalPatterns (328)
mutationalpatterns (1)
MutationTimeR (0)
mutoss (10)
mutSigExtractor (0)
mvabund (1)
MVCClass (100)
mvGST (4)
mvna (1)
mvnfast (0)
mvnormtest (1)
mvpart (1)
mvtnorm (128)
MWASTools (161)
mwcsr (1)
mycor (1)
mygene (341)
myphd (0)
myvariant (86)
mzID (3193)
mzR (3443)

N

n1qn1 (1)
N2R (1)
nabor (1)
NACHO (1)
NADA (6)
NADfinder (62)
name (1)
namer (1)
naniar (3)
nanoarrow (1)
NanoMethViz (83)
nanonext (2)
nanopipeline (1)
NanoPyx (1)
NanoStringDiff (93)
NanoStringNCTools (400)
NanoStringNorm (1)
NanoStringQCPro (36)
nanostringr (1)
nanotatoR (95)
nanotime (1)
NanoTube (84)
narray (1)
NarrowPeaks (16)
nasapower (1)
nat.util (1)
nat.utils (1)
natserv (1)
naturalsort (1)
NBAMSeq (121)
NbClust (1)
nbpMatching (1)
NBSplice (10)
ncappc (1)
ncar (1)
ncbit (0)
ncdf4 (12)
ncdf4.1 (0)
ncdfFlow (1143)
ncGTW (75)
NCIgraph (117)
ncmeta (1)
NCmisc (1)
ncRNAtools (51)
ncvreg (1)
ndexr (73)
ndjson (0)
neaGUI (8)
nearBynding (52)
Nebulosa (1060)
NeighborNet (22)
nem (18)
NEMO (0)
nempi (60)
neo2R (1)
NEONiso (1)
neonUtilities (1)
nephro (1)
nestcolor (1)
nestedcv (1)
nestedLogit (1)
nestedmodels (1)
NetActivity (47)
netbenchmark (8)
NetBID2 (1)
netbiov (30)
netboost (45)
netboxr (9)
NetCoMi (0)
NetCRG (0)
netDx (47)
nethet (70)
netmeta (1)
netOmics (35)
NetPathMiner (62)
NetPreProc (1)
netprioR (51)
netrankr (1)
netReg (8)
netresponse (74)
NetSAM (95)
netSmooth (66)
NetSwan (1)
network (3)
networkBMA (17)
networkD3 (1)
networkDynamic (1)
netZooR (62)
NeuCA (39)
neuralnet (1)
NeuralNetTools (1)
neuRosim (0)
NewWave (123)
nFactors (1)
NGCHM (0)
NGScopy (7)
ngsReports (76)
NHANES (1)
nhanesA (1)
nimble (1)
nipals (1)
nipalsMCIA (40)
NISTunits (1)
NlcOptim (1)
nleqslv (1)
nlme (224)
nlmeODE (1)
nlmixr2 (1)
nlmixr2data (1)
nlmixr2est (1)
nlmixr2extra (1)
nlmixr2lib (1)
nlmixr2plot (1)
nlmixr2rpt (1)
nloptr (38)
NLP (1)
nls2 (1)
NMcalc (1)
NMdata (1)
NMF (13)
NMproject (1)
nmrec (1)
NMsim (1)
nnet (61)
NNgenesets (1)
NNLM (1)
nnls (4)
nnNorm (59)
nnSVG (114)
NNutils (1)
noctua (1)
NoiseFiltersR (0)
NOISeq (582)
nominatimlite (1)
NonCompart (1)
nondetects (61)
nonmem2R (1)
nonmem2rx (1)
nonmemica (1)
nonnest2 (1)
nor1mix (2)
NoRCE (52)
norm (1)
normalize450K (51)
NormalizerDE (1)
NormalyzerDE (172)
NormqPCR (165)
normr (136)
NORMT3 (1)
nortest (1)
notame (1)
Nozzle.R1 (1)
np (0)
NPARC (71)
npde (1)
npGSEA (63)
nphRCT (1)
npsurv (2)
NTW (60)
nucleoSim (59)
nucleR (81)
nuCpos (54)
nudge (11)
nullranges (178)
numbat (9)
numbers (1)
numDeriv (2)
NuPoP (73)
NxtIRFcore (12)
nycflights13 (1)

O

oaqc (1)
occugene (52)
oce (1)
OceanView (0)
OCplus (80)
octad (58)
od (1)
odbc (28)
oddsratio (0)
ODER (11)
odseq (66)
odyproteomicsValidator (1)
officedown (2)
officer (26)
OGRE (57)
OGSA (8)
OHCA (1)
oligo (1678)
oligoClasses (1715)
OLIN (94)
OLINgui (58)
OlinkAnalyze (1)
olsrr (1)
omada (45)
OmaDB (229)
omicade4 (167)
OmicCircos (186)
omicplotR (62)
omicRexposome (62)
omicsbase (0)
OmicsLonDA (18)
OmicsMarkeR (8)
omicsmarker (0)
OMICsPCA (64)
omicsPrint (62)
omicsViewer (54)
Omixer (56)
omnibus (1)
OmnipathR (549)
ompBAM (109)
ompr (1)
ompr.roi (1)
Onassis (10)
onbrand (1)
OncoBayes2 (1)
oncomarkerbase (1)
oncomix (54)
oncoscanR (56)
OncoScore (66)
OncoSimulR (62)
oneChannelGUI (14)
onechannelgui (0)
oneSENSE (20)
onlineFDR (48)
ontoCAT (12)
ontologyIndex (21)
ontologyPlot (1)
ontoProc (254)
ontoTools (3)
oompaBase (5)
oompaData (5)
opdisDownsampling (1)
openCyto (672)
openeo (1)
OpenMx (1)
openPrimeR (159)
openPrimeRui (64)
openssl (378)
OpenStats (49)
openxlsx (31)
openxlsx2 (1)
OperaMate (4)
operator.tools (1)
oposSOM (87)
oppar (64)
oppti (48)
optextras (1)
OptiLCMS (1)
optimalFlow (61)
optimParallel (1)
optimr (1)
optimx (15)
optmatch (2)
optparse (42)
optpart (1)
optweight (1)
OPWeight (54)
orca (1)
OrderedList (80)
orderedlist (1)
ordinal (3)
ore (1)
ORFhunteR (54)
ORFik (201)
org.Ag.eg.db (1)
org.At.tair.db (1)
org.Bt.eg.db (1)
org.Ce.eg.db (1)
org.Cf.eg.db (1)
org.Dm.eg.db (1)
org.Dr.eg.db (1)
org.Gg.eg.db (1)
org.Hs.eg.db (16)
org.Hs.eg.dB (1)
org.Hs.eg.db.html (0)
org.Mm.eg.db (14)
org.Mmu.eg.db (1)
org.Psativumv2.eg.db (1)
org.Pt.eg.db (1)
org.Rn.eg.db (11)
org.Sc.sgd.db (1)
org.Ss.eg.db (1)
org.Xl.eg.db (1)
Organism.dplyr (432)
OrganismDbi (3235)
oricvis (1)
orientlib (1)
origami (1)
orthogene (327)
Orthology.eg.db (1)
orthopolynom (1)
orthos (40)
OSAT (77)
OSCA (5)
OSCA.advanced (16)
OSCA.basic (20)
OSCA.intro (58)
OSCA.multisample (19)
OSCA.workflows (35)
Oscope (91)
oskeyring (1)
osmdata (14)
osprey (1)
osqo (0)
osqp (2)
OTUbase (66)
OutlierD (14)
outliers (1)
OUTRIDER (208)
OutSplice (49)
overlapping (1)
OVESEG (65)

P

PAA (69)
PACKAGE (1)
packcircles (1)
packer (1)
packFinder (61)
packrat (34)
pacman (1)
padma (56)
PADOG (267)
padr (1)
pagedown (2)
pageRank (55)
pagoda2 (1)
PAIRADISE (84)
paircompviz (64)
PairedData (1)
pairedGSEA (48)
pairkat (77)
pairseqsim (2)
pairwiseComparisons (0)
pak (3)
paletteer (8)
Palimpsest (0)
palmerpenguins (1)
palr (1)
pals (2)
pammtools (1)
pamr (6)
pan (2)
pandaR (127)
pander (3)
pandoc (1)
panelcn.mops (84)
panelr (1)
PAnnBuilder (14)
PanomiR (68)
panp (75)
PANR (58)
PanViz (42)
PanVizGenerator (10)
PAPi (18)
paquet (1)
paradox (1)
parallel (1)
parallelDist (1)
parallelly (152)
parallelMap (1)
parallely (1)
param6 (1)
parameters (10)
ParamHelpers (0)
parathyroidSE (1)
parcats (1)
PARdesign (1)
pareg (55)
parglms (53)
parody (104)
parquetize (1)
parrallely (1)
parsedate (3)
parsnip (16)
partCNV (36)
partitions (1)
party (40)
partykit (3)
pasilla (1)
PAST (49)
pastecs (1)
PASWR (1)
patch (1)
patchwork (65)
Path2PPI (61)
pathfindR.data (1)
pathifier (114)
PathInterpolatR (1)
pathlinkR (23)
PathNet (70)
PathoStat (102)
pathprint (7)
pathRender (65)
pathVar (23)
pathview (4437)
pathwayPCA (78)
pathways (1)
PathwaySplice (7)
PatientGeneSets (2)
PatientProfiles (1)
patientProfilesVis (1)
patrick (1)
paws (15)
paws.analytics (15)
paws.application.integration (15)
paws.common (91)
paws.compute (48)
paws.cost.management (15)
paws.customer.engagement (15)
paws.database (15)
paws.developer.tools (15)
paws.end.user.computing (15)
paws.machine.learning (15)
paws.management (15)
paws.networking (15)
paws.security.identity (15)
paws.storage (88)
paxtoolsr (91)
pbapply (42)
Pbase (11)
pbcmc (5)
pbdZMQ (2)
PBIR (0)
pbivnorm (1)
pbkrest (0)
pbkrtest (49)
pbmcapply (1)
pbmcref.SeuratData (1)
PBSddesolve (1)
PBSmapping (1)
pbv (1)
pcaExplorer (467)
pcaGoPromoter (14)
pcalg (1)
pcaMethods (5329)
PCAmixdata (1)
PCAN (61)
pcaPP (17)
PCAtools (1224)
PCDimension (1)
pch (1)
PCICt (1)
pcot2 (15)
PCpheno (15)
pcse (1)
pctGCdata (0)
pcxn (51)
pd.atdschip.tiling (0)
pd.clariom.s.human (1)
pd.hg.u133.plus.2 (0)
pd.hta.2.0 (1)
pd.mouse430.2 (0)
PDATK (119)
pdfCluster (1)
pdftools (8)
pdInfoBuilder (118)
pdist (1)
pdmclass (12)
pdp (1)
PeacoQC (230)
PeakcoQC (1)
peakPantheR (60)
peakPick (0)
pec (1)
PECA (66)
peco (51)
pedigree (0)
pedigreemm (1)
Pedixplorer (15)
pegas (1)
pegboard (0)
PEIP (1)
penalized (1)
pengls (44)
peperr (0)
PepSetTest (1)
PepsNMR (137)
pepStat (54)
Peptides (1)
pepXMLTab (62)
PERFect (36)
performance (10)
PerformanceAnalytics (1)
periodicDNA (49)
perm (9)
permimp (1)
permute (3)
perturbatr (7)
PFAM.db (12)
pfamAnalyzeR (256)
PFIM (1)
PFP (13)
PGA (11)
pga (0)
pgca (51)
pgirmess (1)
PGSEA (51)
pgUtils (3)
pgxRpi (21)
phangorn (2)
phantasus (179)
phantasusLite (46)
PharmacoGx (280)
pharmaRTF (1)
pharmaversesdtm (1)
pheatmap (1)
phemd (32)
phenoDist (12)
PhenoGeneRanker (44)
phenomis (59)
phenopath (91)
phenoTest (137)
PhenStat (64)
PheWAS (0)
philentropy (2)
philr (180)
PhIPData (100)
phonTools (1)
phosphonormalizer (52)
phosphoricons (7)
PhosR (116)
phyclust (1)
phylobase (1)
phylocanvas (0)
phylogram (0)
phylolm (1)
PhyloProfile (77)
phyloseq (5569)
phylosignal (1)
phylotools (0)
phyr (1)
phytools (5)
Pi (65)
piano (472)
pickgene (52)
PICS (116)
Pigengene (121)
pillar (80)
pim (0)
pimeta (1)
pinfsc50 (1)
PING (73)
pingr (10)
pins (27)
pint (11)
pio (0)
pipebind (1)
pipeComp (56)
pipeFrame (165)
pipeR (1)
PIPETS (17)
Pirat (3)
PIUMA (16)
pivotalPilars (0)
pivotalPillars (1)
pivotalReporters (1)
pixmap (8)
PK (1)
pkgbuild (124)
pkgcache (10)
pkgconfig (3)
pkgdepends (11)
pkgDepTools (22)
pkgdeptools (0)
pkgdown (80)
pkgKitten (1)
pkglite (1)
pkgload (278)
pkgmaker (2)
pkgpub (1)
pkgsearch (1)
PKI (4)
PKNCA (1)
PKPDdatasets (1)
PKPDmodels (1)
PKreport (1)
planet (199)
planttfhunter (73)
plasmut (33)
plateCore (15)
plethy (22)
plgem (113)
plier (117)
plm (1)
PLNmodels (1)
PloGO2 (60)
plogr (2)
plot3D (3)
plot3Drgl (0)
plotfunctions (1)
plotgardener (333)
plotGrouper (52)
plotly (133)
plotlyGeoAssets (1)
plotmm (0)
plotmo (1)
plotrix (12)
plotROC (1)
PLPE (58)
plpe (0)
plrs (14)
pls (2)
PLSDAbatch (31)
plumber (19)
plw (15)
plyinteractions (49)
plyr (144)
plyranges (1284)
PMA (1)
pmartR (1)
PMCMRplus (2)
pmforest (1)
pmm (61)
pmml (1)
pmp (120)
pmparams (1)
pmplots (1)
pmtables (1)
pmxTools (1)
png (44)
PoDCall (49)
podkat (62)
pogos (62)
poibin (1)
poilog (1)
pointblank (1)
PoissonSeq (0)
poLCA (1)
polspline (3)
Polychrome (0)
polyclip (84)
polycor (1)
polyCub (1)
polyester (124)
Polyfit (9)
polynom (4)
PolynomF (1)
polysat (0)
PolySTest (1)
POMA (112)
pool (9)
poolfstat (0)
poorman (1)
PopED (1)
poppr (1)
PossibilityCurves (2)
POST (8)
posterior (12)
PoTRA (8)
PowerExplorer (8)
poweRlaw (9)
powerTCR (373)
PowerTOST (1)
POWSC (64)
powsimR (1)
ppcor (1)
ppcseq (56)
PPInfer (158)
ppiStats (16)
pqsfinder (105)
prabclus (2)
pracma (28)
prada (22)
praise (2)
pram (58)
preAnomalyDetectionCredLife (1)
prebs (73)
PreciseSums (1)
preciseTAD (62)
PrecisionTrialDrawer (7)
precommit (1)
PREDA (83)
prediction (1)
predictionet (15)
predint (1)
PReMiuM (0)
preproc.iquizoo (1)
preprocessCore (14255)
preprocesscore (0)
PreprocessCore (0)
preprocessorCore (1)
PresenceAbsence (0)
preseqR (1)
presser (1)
presto (1)
prestor (1)
prettycode (1)
prettydoc (1)
prettymapr (1)
prettyunits (174)
primeviewcdf (2)
primeviewprobe (2)
primirTSS (61)
PrInCE (60)
princurve (1)
printr (1)
prioritylasso (1)
prismatic (4)
PRISMselector (1)
Prize (8)
proActiv (65)
proBAMr (56)
proBatch (24)
pROC (49)
PROcess (91)
processCore (0)
processx (264)
procoil (65)
ProCoNA (13)
procs (1)
proDA (245)
prodlim (45)
productplots (1)
proffer (1)
proFIA (13)
profile (0)
profileModel (1)
profileplyr (230)
profileScoreDist (52)
profmem (1)
profvis (29)
progeny (424)
ProgMan (1)
progress (100)
progressr (47)
proj (0)
PROJ (5)
proj4 (19)
ProjecTILs (1)
projectR (112)
projpred (1)
pRoloc (265)
pRolocdata (11)
pRolocGUI (91)
PROMISE (105)
promise (1)
promises (215)
prompt (1)
prompter (1)
PropCIs (0)
PROPER (88)
properties (1)
propr (1)
PROPS (56)
PROreg (1)
PROscorer (0)
PROscorerTools (0)
Prostar (81)
prostar (0)
prot2D (13)
proteasy (26)
proteinProfiles (55)
ProteoDisco (55)
ProteomicsAnnotationHubData (11)
proteomixr (1)
ProteoMM (81)
proteoQC (9)
protGear (56)
ProtGenerics (11900)
proto (1)
protoarrayr (1)
protolite (1)
protr (12)
protti (1)
protViz (1)
proxy (2)
proxyC (2)
PRROC (7)
pryr (13)
ps (264)
PSCBS (8)
pscl (2)
PSEA (41)
psichomics (75)
PSICQUIC (23)
PSMatch (805)
PsNR (1)
pspearman (1)
pspline (1)
psych (102)
psychometric (6)
psychotools (1)
psychotree (1)
psychTools (1)
psygenet2r (82)
ptairMS (52)
ptw (1)
PubChemR (0)
Publish (1)
PubScore (5)
PullReadAnalysisData (1)
pulsar (1)
pulsedSilac (7)
puma (100)
PupillometryR (1)
PureCN (165)
purr (0)
purrr (142)
purrrlyr (1)
pvac (57)
pvca (244)
pvclust (1)
Pviz (80)
pwalign (1396)
PWMEnrich (196)
pwOmics (142)
pwr (1)
pwrEWAS (25)
PwrGSD (1)
pxr (0)
pyinit (1)
pzfx (1)

Q

qap (13)
qbaDatabase (1)
qcc (1)
qckitfastq (70)
qcmetrics (101)
qcNvs (0)
QCvis (1)
qdapRegex (1)
qdapTools (1)
QDNAseq (374)
QDNAseq.hg19 (1)
QDNAseq.mm10 (1)
QFeatures (1829)
qgam (1)
qgraph (2)
qicharts (1)
qlcMatrix (15)
qmtools (54)
QNB (1)
qpcR (0)
qpcrNorm (67)
qpdf (2)
qpgraph (182)
qPLEXanalyzer (74)
qqconf (10)
qqman (3)
qqplotr (1)
qrcode (1)
qreport (1)
qrng (1)
qrnn (1)
qrqc (23)
qs (8)
QSARdata (1)
qsea (66)
qsmooth (168)
QSutils (89)
qsvaR (146)
qtl (1)
qtl2 (1)
QTLExperiment (38)
Qtlizer (54)
quadprog (2)
QUALIFIER (17)
qualifier (1)
qualityTools (1)
qualpalr (1)
quantable (1)
quanteda (1)
quantiseqr (454)
quantmod (14)
QuantPsyc (1)
quantreg (75)
quantro (360)
quantsmooth (617)
quarto (8)
QuartPAC (64)
QuasR (362)
QuaternaryProd (75)
QUBIC (147)
questionr (2)
QuickJSR (5)
qusage (399)
qvalue (17396)
qvcalc (1)
qwraps2 (1)

R

r (1)
r-limma (1)
R.cache (2)
R.devices (9)
R.filesets (9)
R.huge (7)
R.matlab (0)
R.methodsS3 (7)
R.oo (50)
R.rsp (1)
R.utils (105)
R2admb (1)
r2d2 (1)
r2d3 (1)
R2GUESS (1)
R2HTML (1)
R2jags (1)
R2OpenBUGS (1)
r2rtf (1)
R2wd (1)
R2WinBUGS (1)
R3CPET (56)
r3Cseq (90)
R453Plus1Toolbox (76)
R4RNA (634)
R6 (29)
rAccess (1)
radarchart (1)
radiant (1)
radiant.data (1)
radiant.model (1)
radiator (0)
RadioGx (68)
raer (38)
ragg (192)
RaggedExperiment (952)
RAIDS (40)
rain (93)
rainbow (10)
rama (17)
rAmCharts (1)
RamiGO (12)
ramr (48)
ramwas (130)
randomcoloR (7)
randomcolor (1)
RandomFields (0)
RandomFieldsUtils (0)
randomForest (4)
randomForestSRC (1)
randomizr (1)
randomNames (1)
RandomWalkRestartMH (102)
randPack (58)
randRotation (44)
randtests (1)
randtoolbox (1)
rangeModelMetadata (1)
ranger (13)
RankAggreg (1)
RankProd (290)
rankprod (1)
RANN (1)
rapiclient (1)
RApiDatetime (1)
rapidjsonr (1)
rapidoc (1)
RApiSerialize (8)
rappdirs (4)
rapportools (1)
RAREsim (46)
RareVariantVis (65)
Rariant (16)
rARPACK (6)
Rarr (140)
raster (28)
rasterVis (1)
ratelimitr (1)
RAthena (12)
rattle (1)
rawDiag (20)
rawrr (215)
rayimage (1)
rayrender (1)
rayvertex (1)
RbcBook1 (106)
Rbec (61)
rbenchmark (1)
RBesT (1)
RBGL (9537)
rbgl (1)
rbibutils (45)
rbioapi (4)
RBioFormats (128)
RBioinf (66)
rbioinfcookbook (1)
rBiopaxParser (171)
rbiopaxparser (1)
rBLAST (34)
RBM (61)
rbmi (1)
rbokeh (1)
Rbowtie (513)
Rbowtie2 (307)
rbsurv (72)
Rbwa (103)
Rcade (20)
Rcapture (1)
rcartocolor (1)
RCAS (142)
RCASPAR (53)
RccpTOML (1)
rcdk (12)
RCdk (0)
rcdklibs (12)
rcellminer (72)
rCGH (114)
Rcgmin (1)
Rchemcpp (14)
Rchoice (1)
RchyOptimyx (16)
RCircos (0)
RcisTarget (850)
RClickhouse (1)
rclipboard (6)
RCM (65)
rcmdcheck (15)
Rcmdr (1)
RcmdrMisc (1)
Rcollectl (31)
RColorBrewer (16)
rcompanion (1)
rcorpora (1)
Rcpi (119)
Rcpp (304)
rcpp (1)
RcppAlgos (1)
RcppAnnoy (41)
RcppArmadillo (215)
RcppCCTZ (1)
RcppClassic (0)
RcppDate (1)
RcppDE (1)
RcppDist (1)
RcppEigen (149)
RcppEnsmallen (1)
RcppGSL (4)
RcppHNSW (23)
RcppML (7)
RcppNumerical (1)
RcppParallel (20)
RcppProgress (1)
RcppRoll (3)
RcppSimdJson (18)
RcppSpdlog (1)
RcppThread (3)
RcppTOML (17)
RcppZiggurat (7)
Rcsdp (1)
RCSL (45)
RCurl (148)
RCurl.back (0)
Rcwl (106)
RcwlPipelines (105)
RCX (95)
RCy3 (964)
RCyjs (74)
RCytoscape (13)
Rd2roxygen (0)
rda (0)
RDAVIDWebService (34)
Rdbi (4)
RdbiPgSQL (2)
RDCOMClient (1)
rdd (1)
rdflib (1)
rDGIdb (79)
Rdimtools (1)
Rdisop (444)
rdocx (1)
Rdpack (45)
rdrop2 (1)
RDRToolbox (129)
Rdsdp (1)
reactable (3)
reactlog (1)
reactome.db (11)
ReactomeContentService4R (113)
ReactomeGraph4R (48)
ReactomeGSA (226)
ReactomePA (2457)
reactR (23)
readat (8)
readbitmap (1)
reader (1)
readJDX (1)
readODS (1)
ReadqPCR (209)
readr (111)
readstata13 (1)
readxl (84)
rearrr (1)
reb (13)
REBayes (1)
REBET (53)
rebook (158)
receptLoss (45)
recipes (60)
reclin (1)
recommenderlab (5)
reconsi (54)
recosystem (5)
recount (400)
recount3 (312)
recountmethylation (73)
recoup (58)
reda (1)
REddyProc (1)
RedeR (334)
RedisParam (46)
redland (1)
redoc (1)
REDseq (92)
redux (1)
RefFreeEWAS (1)
refinr (1)
RefManageR (1)
RefNet (14)
RefPlus (43)
refund (1)
RegEnrich (103)
reghelper (1)
regionalpcs (56)
RegionalST (49)
regioneR (2058)
regioneReloaded (56)
regionReport (132)
registry (1)
RegParallel (0)
regress (1)
regsplice (55)
regutools (77)
relaimpo (1)
relations (1)
reldist (9)
relimp (1)
relsurv (1)
remaCor (6)
rematch (89)
rematch2 (2)
remotes (129)
REMP (71)
renderthis (1)
rentrez (1)
renv (155)
Repitools (298)
report (2)
reporter (1)
ReporteRs (1)
ReporteRsjars (1)
reporting (1)
ReportingTools (698)
reposTools (1)
repr (4)
reprex (60)
repurrrsive (1)
RepViz (110)
ReQON (44)
reReg (1)
resample (0)
reshape (3)
reshape2 (7)
ResidualMatrix (3588)
RESOLVE (55)
Resourcerer (5)
ResourceSelection (1)
restfulr (9)
restfulSE (132)
reticulate (75)
retrofit (45)
ReUseData (54)
revealgenomics (1)
RevGadgets (1)
review (1)
rex (14)
rexposome (105)
rfaRm (46)
Rfast (17)
Rfast2 (1)
Rfastp (147)
rfcdmin (2)
Rfit (1)
rflowcyt (3)
RFOC (9)
rfPred (59)
rGADEM (307)
RGalaxy (17)
rgbif (1)
RGCCA (0)
rgdal (19)
rGenomeTracks (51)
rgenoud (1)
rgeos (18)
rgexf (1)
Rgin (8)
rgl (3)
Rglpk (1)
rglwidget (1)
RGMQL (51)
rgnparser (1)
RgnTX (47)
RgoogleMaps (6)
rgoslin (78)
rgr (1)
RGraph2js (57)
Rgraphviz (9979)
rgraphviz (2)
rGREAT (686)
RGSEA (68)
rgsepd (51)
rhandsontable (3)
rhdf5 (19973)
Rhdf5 (1)
rhdf5client (156)
rhdf5filters (19324)
Rhdf5lib (24216)
rhino (8)
Rhisat2 (224)
RhpcBLASctl (2)
Rhtslib (24911)
rhtslib (2)
rhub (3)
rHVDM (13)
rhvdm (0)
RiboCrypt (53)
RiboDiPA (52)
RiboProfiling (91)
ribor (51)
riboSeq (0)
riboSeqR (56)
ribosomeProfilingQC (82)
rice (1)
RIdeogram (0)
ridigbio (2)
riem (1)
rifi (50)
rifiComparative (46)
RImmPort (50)
Ringo (306)
RInside (0)
Rintact (2)
rintrojs (3)
rio (12)
RIPAT (25)
RIPSeeker (27)
Risa (106)
RISCA (1)
riskmetric (1)
riskRegression (1)
RITAN (70)
ritis (1)
RItools (1)
RIVER (56)
riverplot (1)
rj (1)
rj.gd (1)
rjags (1)
rJava (85)
RJDBC (1)
RJMCMCNucleosomes (59)
rjson (13)
rjsoncons (1)
RJSONIO (15)
Rlab (0)
Rlabkey (1)
rlang (430)
rlaR (1)
RLassoCox (60)
rle (0)
rlecuyer (1)
rlemon (1)
rlist (1)
rlistings (2)
RLMM (55)
RLRsim (1)
RLSeq (31)
rly (0)
RMAGEML (3)
Rmagic (1)
Rmagpie (71)
RMAPPER (4)
rmapshaper (1)
RMariaDB (16)
rmarkdown (324)
RMassBank (107)
rmassbank (1)
rMAT (12)
rmatio (1)
rmcorr (1)
rmdformats (1)
rmelting (69)
rmeta (1)
rminer (1)
rmint.sdtm (1)
rmio (1)
RmiR (15)
rMisbeta (1)
Rmisc (1)
Rmmquant (58)
Rmpfr (15)
Rmpi (1)
rms (3)
rmsb (1)
rmspc (64)
RMTstat (0)
rmutil (1)
rMVP (1)
RMySQL (4)
RNAAgeCalc (72)
RNAdecay (40)
rnaEditr (60)
RNAi (1)
RNAinteract (81)
RNAither (17)
RNAmodR (116)
RNAmodR.AlkAnilineSeq (64)
RNAmodR.Data (1)
RNAmodR.ML (57)
RNAmodR.RiboMethSeq (66)
RNAprobR (8)
RNAsense (48)
rnaseqcomp (66)
RNAseqCovarImpute (36)
rnaseqGene (1)
RnaSeqGeneEdgeRQL (2)
rnaSeqMap (17)
RNASeqPower (155)
RNAseqQC (1)
RNASeqR (8)
RnaSeqSampleSize (96)
rnaturalearth (2)
rnaturalearthdata (1)
RnBeads (293)
RnBeads.hg19 (6)
RnBeads.hg38 (6)
RnBeads.mm10 (6)
RnBeads.mm9 (6)
RnBeads.rn5 (6)
rncl (1)
RNetCDF (3)
RNeXML (1)
rngtools (2)
rngWELL (1)
Rnits (56)
rnoaa (1)
RNOmni (1)
roak (1)
roar (63)
roastgsa (36)
robfilter (2)
RobinCar (1)
RobStatTM (1)
robumeta (1)
robust (16)
robustbase (30)
robustlmm (1)
ROC (1063)
ROCit (1)
ROCpAI (46)
ROCR (2)
RODBC (3)
ROI (1)
ROI.plugin.glpk (1)
ROI.plugin.lpsolve (1)
RolDE (53)
Roleswitch (15)
roleswitch (1)
Rolexa (9)
roll (1)
rols (454)
roma (1)
ROntoTools (216)
Rook (0)
rootSolve (14)
ropls (1233)
roptim (1)
ROracle (1)
ROSE (1)
ROSeq (56)
rosettR (1)
rotl (2)
ROTS (215)
round (1)
roxygen (1)
roxygen2 (139)
RPA (107)
rpact (1)
rpart (70)
rpart.plot (1)
RPEGLMEN (1)
RPEIF (1)
RPESE (1)
rpf (1)
RPMG (9)
RPostgres (58)
RPostgreSQL (3)
RPresto (1)
rprimer (78)
rprintf (1)
rprojroot (158)
rpromis (1)
RProtoBuf (1)
RProtoBufLib (2738)
rpsftm (1)
RpsiXML (20)
RPtests (1)
RPushbullet (1)
rpx (303)
Rqc (270)
rqt (49)
rqubic (85)
rr2 (1)
rrapply (1)
rrBLUP (1)
rrcov (20)
rrcovNA (1)
rRDP (67)
Rredland (2)
rredlist (1)
RRHO (91)
RRPP (1)
rrsq (1)
rrvgo (506)
rsample (23)
Rsamtools (23765)
rsamtools (0)
rsatscan (1)
rsbml (151)
RSclient (1)
rsconnect (48)
rScudo (55)
RSEIS (9)
RSelenium (2)
rsemmed (46)
RSeqAn (98)
Rserve (1)
rSFFreader (11)
RSiena (1)
rslurm (0)
rsm (1)
Rsmlx (1)
Rsmlx.1 (0)
Rsmlx.2 (0)
RSNNS (0)
RSNPper (3)
rsnps (1)
Rsolnp (2)
rsparkling (1)
rsparse (1)
RSpectra (13)
Rspectra (1)
rspm (1)
RSQLite (196)
Rssa (0)
RsSimulx (0)
RsSimulx.1 (0)
rstan (16)
rstanarm (1)
rstanemax (1)
rstantools (13)
rstatix (23)
rstpm2 (1)
rstudio (1)
rstudioapi (162)
Rsubread (2251)
rsvd (9)
rsvg (3)
RSVSim (67)
rSWeeP (50)
Rsymphony (1)
rtables (5)
rTANDEM (18)
RTCA (63)
RTCGA (562)
RTCGAToolbox (566)
rtdists (1)
rtf (1)
rticles (1)
rtkore (1)
RTN (176)
RTNduals (89)
RTNsurvival (64)
RTools4TB (2)
RTopper (62)
Rtpca (64)
rtracklayer (21810)
Rtreemix (62)
rTRM (172)
rTRMui (66)
Rtsne (26)
Rttf2pt1 (2)
rtweet (7)
rubasic (1)
Ruchardet (0)
rugarch (3)
runibic (79)
RUnit (9)
runjags (1)
runner (3)
runonce (0)
Runuran (1)
ruODK (1)
rusinglecell (1)
Ruuid (5)
ruv (1)
RUVcorr (60)
RUVnormalize (70)
RUVSeq (939)
RUVseq (0)
RVAideMemoire (1)
Rvcg (1)
rvcheck (3)
RVenn (0)
RVerbalExpressions (1)
rversions (33)
rvertnet (1)
rvest (122)
rvg (2)
Rvisdiff (37)
Rvmmin (1)
RVS (53)
RVtests (0)
Rwave (8)
RWebServices (5)
RWiener (1)
rWikiPathways (396)
rworldmap (1)
RxODE (1)
rxode2 (1)
rxode2et (1)
rxode2ll (1)
rxode2parse (1)
rxode2random (1)
Ryacas (1)
rzmq (2)

S

s2 (51)
S4Arrays (38465)
S4Vectors (56357)
s4vectors (0)
S4vectors (1)
saemix (1)
safe (647)
safeBinaryRegression (1)
safetyData (1)
safetyexploreR (1)
safetyMarginCalculation (0)
SAGElyzer (3)
sagenhaft (57)
SAGx (18)
SAIGEgds (89)
samExploreR (8)
sampleClassifier (68)
sampleSelection (1)
sampling (1)
samr (6)
SamSPECTRAL (151)
sandwich (10)
sangeranalyseR (182)
sangerseqR (910)
SANTA (53)
santoku (1)
sapFinder (14)
saps (2)
SARC (38)
sarks (49)
sas7bdat (1)
saseR (25)
sasLM (1)
SASmixed (1)
sass (276)
sassy (1)
SASxport (1)
satchel (1)
satellite (3)
satuRn (276)
SAVER (1)
savR (24)
SBGNview (192)
SBGNview.data (1)
sbgr (2)
SBMLR (69)
SC3 (388)
sc3 (0)
scagnostics (1)
Scale4C (64)
ScaledMatrix (12218)
scales (118)
scAlign (15)
scalreg (1)
scam (1)
SCAN.UPC (160)
scanMiR (88)
scanMiRApp (57)
scAnnotatR (161)
SCANVIS (64)
SCArray (85)
SCArray.sat (51)
SCATE (73)
scater (7088)
scatterD3 (1)
scatterHatch (49)
scattermore (20)
scatterpie (27)
scatterplot3d (21)
scBFA (59)
SCBN (90)
scBubbletree (55)
scCB2 (56)
scClassifR (3)
scClassify (71)
scclusteval (1)
sccomp (103)
sccore (1)
sccs (0)
scCustomize (2)
scda (1)
scda.2021 (1)
scda.2022 (1)
scDataviz (81)
scDblFinder (1479)
ScDblFinder (1)
scDC (0)
scDD (138)
scDDboost (52)
scde (351)
scDesign3 (52)
scDotPlot (2)
scds (504)
SCENIC (1)
sceptre (1)
SCFA (47)
scFeatureFilter (53)
scFeatures (66)
scfind (7)
scGate (1)
scGPS (84)
scGSVA (1)
schex (230)
schoolmath (1)
scHOT (66)
scico (1)
scidb (1)
scider (42)
scifer (55)
Scillus (1)
scImpute (1)
ScISI (21)
scistreer (9)
scJonas (1)
scLinear (0)
scMAGeCK (8)
scmap (250)
scMerge (535)
scMET (50)
scmeth (69)
scMitoMut (16)
scMultiSim (15)
SCnorm (108)
scone (112)
Sconify (57)
SCOPE (63)
SCopeLoomR (1)
scoreInvHap (60)
scoringRules (1)
scp (158)
SCP (1)
scPCA (92)
scPipe (138)
scplot (1)
scran (4827)
scReClassify (62)
scRecover (59)
screenCounter (45)
ScreenR (46)
scRepertoire (423)
scrime (6)
scRNAseq (1)
scRNASeq.spatial (0)
scRNAseqApp (67)
scruff (69)
scry (236)
scrypt (5)
scs (1)
scShapes (47)
scsR (15)
scTensor (125)
scTGIF (181)
scTHI (48)
SCtools (1)
sctransform (18)
scTreeViz (51)
sctrnasform (1)
scuttle (9958)
scviewer (1)
scviR (51)
sda (1)
SDAMS (57)
sdmpredictors (1)
SDMTools (1)
sdpR (1)
sdtmchecks (1)
seahtrue (0)
sechm (157)
secretbase (2)
secrets (1)
see (3)
seewave (0)
segmented (23)
segmenter (65)
segmentSeq (71)
selectKSigs (50)
selectr (1)
SELEX (63)
sem (0)
SemDist (50)
semEff (1)
semisup (52)
SemSim (2)
semsim (0)
semTools (1)
sen2r (0)
sendmailR (2)
sensemakr (0)
sensitivity (1)
sensobol (1)
SEPA (6)
SEPIRA (24)
seq.hotSPOT (41)
seq2pathway (148)
seqArchR (84)
seqArchRplus (54)
SeqArray (920)
seqArray (1)
seqbias (71)
seqCAT (66)
seqCNA (42)
seqcombo (58)
SeqGate (53)
SeqGSEA (169)
seqinr (12)
seqLogo (3764)
seqlogo (0)
seqmagick (1)
seqminer (12)
Seqnames (0)
seqPattern (713)
seqplots (13)
seqsetvis (78)
SeqSQC (121)
seqTools (123)
sequenza (1)
SeqVarTools (452)
seriation (24)
SeruatObject (1)
servr (6)
sesame (750)
sesameData (1)
sessioninfo (15)
set6 (1)
SEtools (165)
setRNG (1)
sets (1)
settings (1)
seurat (1)
Seurat (52)
SeuratData (1)
SeuratDisk (1)
SeuratObject (38)
SeuratWrapper (1)
SeuratWrappers (1)
sevenbridges (67)
sevenC (53)
sf (47)
sfheaders (22)
sfsmisc (4)
sftime (1)
SGCP (132)
sgeostat (1)
SGP (1)
SGSeq (317)
shadowtext (24)
shape (49)
shapefiles (1)
shapes (1)
shapr (0)
SharedObject (160)
ShatterSeek (0)
SHELF (1)
shinipsum (1)
shiny (264)
shiny.fluent (1)
shiny.gosling (24)
shiny.react (2)
shiny.router (1)
shiny.semantic (1)
shinyAce (1)
shinyalert (10)
shinyauth (1)
shinyauthr (1)
shinyBS (10)
shinybusy (15)
shinycssloaders (1)
shinydashboard (3)
shinydashboardPlus (14)
shinydisconnect (2)
shinyEffects (1)
shinyepico (69)
shinyfeedback (0)
shinyFeedback (1)
shinyFiles (14)
shinyglide (1)
shinyhelper (7)
ShinyItemAnalysis (14)
shinyjqui (1)
shinyjs (6)
shinyloadtest (1)
shinyLP (2)
shinymanager (3)
shinyMatrix (1)
shinyMethyl (111)
shinyMobile (1)
shinypanel (8)
shinyscreenshot (4)
shinySelect (0)
shinystan (1)
shinyTANDEM (14)
shinytest (1)
shinytest2 (14)
shinythemes (2)
shinytoastr (1)
shinyTree (3)
Shinyusagelogr (1)
shinyvalidate (52)
shinyWidgets (101)
ShortRead (6327)
shortread (0)
showimage (1)
showtext (2)
showtextdb (1)
SIAMCAT (123)
SICtools (48)
SID (1)
sidap (0)
sigaR (15)
SigCheck (60)
sigclust (1)
sigFeature (220)
Sigfried (1)
SigFuge (62)
siggenes (3460)
sights (57)
Signac (13)
signac (1)
signal (1)
signature.tools.lib (0)
signature.tools.lib.back (0)
signature.tools.lib.v2.1 (0)
signature.tools.lib.v2.1.2 (0)
signatureSearch (227)
signeR (77)
signet (7)
signifinder (53)
SignifReg (0)
sigPathway (26)
sigpathway (1)
SigsPack (52)
sigsquared (54)
SIM (62)
SIMAT (58)
SimBindProfiles (50)
SimBu (97)
SimComp (1)
SIMD (53)
SimDesign (1)
simex (1)
SimFFPE (48)
similaRpeak (61)
SimInf (1)
SIMLR (248)
simmer (1)
SimMultiCorrData (1)
simona (59)
simpar (1)
simPIC (15)
simpleaffy (100)
simplermarkdown (1)
simpleSeg (70)
simpleSingleCell (0)
simplifyEnrichment (807)
simputation (1)
simr (1)
simresults (1)
SimSeq (0)
simsurv (1)
simulatorAPMS (3)
simulatorZ (10)
sincell (62)
single (45)
SingleCellAlleleExperiment (31)
SingleCellExperiment (15196)
SingleCelLExperiment (0)
SingleCellSignalR (251)
singleCellTK (273)
SingleMoleculeFootprinting (62)
SingleR (4062)
singleR (0)
SingleRBook (3)
singscore (1359)
SiPSiC (48)
sirnakit (1)
SIS (1)
siscreener (1)
SISPA (25)
sitadela (50)
sitePath (57)
sitmo (9)
sizepower (70)
SJava (5)
sjlabelled (1)
sjmisc (1)
sjPlot (1)
sjstats (1)
SKAT (12)
sketchR (31)
SkewHyperbolic (2)
skewr (47)
skewt (1)
skimr (1)
skmeans (1)
slackr (1)
slalom (138)
slam (3)
sleuth (1)
SLGI (17)
slickR (0)
slider (17)
slingshot (1486)
slinky (6)
sloop (1)
slopeR (1)
SLqPCR (65)
sm (1)
smacof (1)
SMAD (52)
SMAP (43)
smartdata (0)
SmartEDA (1)
smartid (29)
smcfcs (1)
smfishHmrf (1)
SMITE (59)
smldesign (1)
smooth (1)
smoothclust (22)
smoother (1)
smoothHR (0)
smotefamily (1)
SMVar (8)
sn (14)
sna (2)
SNAData (2)
SNAGEE (57)
snakecase (21)
SnapATAC (1)
snapCGH (99)
snapcount (60)
snifter (138)
snm (171)
snow (11)
SnowballC (4)
snowfall (1)
snpar (1)
SNPchip (20)
SNPediaR (54)
SNPhood (62)
SNPlocs.Hsapiens.dbSNP151.GRCh38 (0)
snpMatrix (10)
snpmatrix (1)
SNPRelate (1636)
snpStats (2285)
SOAR (0)
sodium (12)
softImpute (1)
soGGi (351)
soilDB (1)
sojourner (12)
solrium (1)
som (1)
SomaDataIO (2)
SomatiCA (10)
SomaticSignatures (181)
SomaVarDB (1)
SOMbrero (1)
sommer (1)
SOMNiBUS (58)
sortable (6)
sos (0)
soundecology (0)
SoupX (1)
sourcetools (41)
sp (96)
spacefillr (1)
SpaceMarkers (17)
SpacePAC (99)
spacetime (2)
spacexr (1)
SPACox (0)
spacrt (1)
spade (11)
spam (5)
spam64 (1)
spaMM (1)
Spaniel (79)
sparkline (1)
sparklyr (12)
SPARQL (1)
sparrow (178)
SparseArray (30310)
sparsebn (1)
sparseDOSSA (32)
SparseGrid (1)
SparseM (33)
sparseMatrixStats (15598)
sparsematrixstats (2)
sparsenetgls (51)
sparsepca (1)
SparseSignatures (57)
sparsesvd (19)
spaSim (61)
spatial (41)
SpatialCPie (75)
spatialDE (105)
SpatialDecon (194)
SpatialEpi (1)
SpatialExperiment (2372)
SpatialFeatureExperiment (159)
spatialHeatmap (194)
SpatialOmicsOverlay (70)
spatialreg (1)
spatstat (4)
spatstat.core (14)
spatstat.data (25)
spatstat.explore (32)
spatstat.geom (39)
spatstat.linnet (4)
spatstat.model (4)
spatstat.random (37)
spatstat.sparse (23)
spatstat.utils (25)
spatsurv (1)
spatzie (48)
spd (1)
spData (12)
spdata (1)
spdep (4)
spec (1)
speckle (175)
specL (62)
SpeCond (73)
spectacles (1)
Spectra (1808)
SpectralTAD (80)
speedglm (1)
SPEI (1)
spelling (2)
SPEM (77)
spgs (1)
SPIA (646)
SPIAT (111)
spicyR (185)
SpidermiR (73)
spikeLI (51)
spiky (46)
spillR (20)
spkTools (56)
splancs (11)
splatter (452)
splicegear (13)
spliceR (16)
spliceSites (15)
SpliceWiz (98)
SplicingFactory (44)
SplicingGraphs (92)
splines (1)
splines2 (1)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (69)
SPLINTER (60)
splitstackshape (1)
splitTools (1)
splots (212)
spls (1)
splus2R (3)
spocc (1)
SPONGE (49)
spoon (17)
SpotClean (90)
SPOTlight (247)
spotSegmentation (13)
SpotSweeper (15)
spp (1)
SPP (1)
spqn (50)
spsComps (1)
SPsimSeq (168)
SQLDataFrame (54)
sqldf (1)
SqlRender (1)
SQUADD (44)
squallms (2)
SQUAREM (2)
sRACIPE (66)
SRAdb (407)
sradb (1)
sRAP (14)
SRGnet (8)
srnadiff (61)
sROC (0)
ssanv (1)
sscore (29)
sscu (52)
SSDM (1)
sSeq (175)
ssh (1)
ssh.utils (0)
ssize (94)
sSNAPPY (139)
SSPA (68)
ssPATHS (47)
ssrch (82)
ssviz (58)
stable (1)
stabledist (1)
StabMap (0)
stabs (1)
stageR (182)
stam (2)
STAN (15)
standR (124)
StanHeaders (17)
staRank (64)
StarBioTrek (48)
stargazer (1)
Starr (14)
stars (7)
starter (1)
startup (5)
startupmsg (1)
StatCharrms (1)
STATegRa (63)
Statial (71)
statip (1)
statmod (3)
statnet (0)
statnet.common (2)
stats (1)
stats4 (1)
statsExpressions (3)
statTarget (98)
STdeconvolve (134)
stdmchecks (1)
stdReg (1)
stepNorm (58)
stepwiseCM (10)
stevedore (1)
sticky (0)
stinepack (2)
stJoincount (61)
stopwords (1)
storr (1)
strandannotate (1)
strandCheckR (54)
strawr (1)
Streamer (65)
strex (1)
string (1)
STRINGdb (1215)
stringdist (21)
stringfish (7)
stringi (306)
stringr (198)
striprtf (1)
STROMA4 (28)
strucchange (1)
struct (153)
Structstrings (158)
structToolbox (112)
StructuralVariantAnnotation (229)
structuralvariantannotation (1)
stxBrain.SeuratData (1)
styler (68)
SubCellBarCode (57)
subplex (1)
subselect (1)
subSeq (70)
SUITOR (43)
SummarizedBenchmark (46)
SummarizedExperiment (38798)
summarizedExperiment (1)
summarytools (1)
Summix (48)
sunburstR (0)
superheat (0)
SuperLearner (1)
superpc (1)
supersigs (78)
SuppDists (1)
supraHex (456)
surfaltr (46)
SurfR (16)
survClust (2)
survcomp (1133)
surveillance (1)
survex (1)
survey (5)
survival (201)
survivalROC (1)
survminer (3)
survMisc (2)
survMS (1)
survPen (1)
survPresmooth (1)
survtype (55)
Sushi (57)
susieR (21)
sva (7347)
svaNUMT (59)
SVAPLSseq (7)
svaRetro (61)
svd (1)
svDialogs (1)
svglite (30)
svGUI (1)
SVM2CRM (7)
SVMDO (108)
svMisc (1)
svUnit (1)
swagger (1)
swamp (1)
SWATH2stats (60)
SwathXtend (69)
swfdr (68)
Swiffer (1)
SwimR (11)
swirl (1)
switchBox (121)
switchde (58)
sybil (1)
sybilGUROBI (1)
sybilSBML (1)
sylly (1)
sylly.en (1)
symengine (1)
symphony (1)
synapser (1)
synapsis (44)
synapter (131)
synbreed (1)
synergyfinder (201)
SynExtend (58)
synlet (52)
SynMut (51)
syntenet (126)
Synth (1)
sys (125)
sysfonts (2)
systemfit (1)
systemfonts (256)
systemPipeR (1194)
systempiper (1)
systemPipeRdata (0)
systemPipeShiny (67)
systemPipeTools (59)
syuzhet (1)

T

table1 (2)
tableHTML (1)
tableone (1)
tables (2)
tabulizer (1)
tabulizerjars (1)
tadar (52)
TADCompare (82)
TailRank (5)
tanggle (65)
TAPseq (65)
tarchetypes (6)
target (57)
TargetDecoy (60)
targets (8)
TargetScore (68)
TargetSearch (74)
targetsearch (0)
TarSeqQC (14)
taskscheduleR (1)
TauStar (1)
taxize (1)
taxonomizr (1)
TBSignatureProfiler (71)
TCC (204)
TCCGUI (1)
TCGAbiolinks (3757)
TCGAbiolinksGUI (25)
TCGAbiolinksGUI.data (1)
TCGAplot (1)
TCGAutils (857)
tcltk (1)
tcltk2 (1)
tclust (1)
TCseq (176)
TDARACNE (17)
TDbasedUFE (77)
TDbasedUFEadv (59)
TeachingDemos (1)
teal (1)
teal.builder.modules (1)
teal.code (1)
teal.data (2)
teal.goshawk (0)
teal.logger (1)
teal.modules.clinical (1)
teal.modules.general (1)
teal.modules.sanofi (1)
teal.osprey (1)
teal.reporter (1)
teal.slice (2)
teal.transform (1)
teal.widgets (1)
TEKRABber (136)
templater (1)
tensor (1)
tensorA (10)
tensorflow (19)
TENxIO (53)
TENxPBMCData (1)
tenXplore (48)
TEQC (78)
tergm (0)
tern (2)
tern.gee (1)
tern.mmrm (1)
tern.rbmi (1)
ternarynet (57)
terra (45)
terraTCGAdata (63)
tesseract (1)
tester (1)
testit (1)
testthat (275)
texreg (2)
text2vec (1)
textfeatures (1)
textrecipes (1)
textshape (1)
textshaping (142)
TFARM (52)
tfautograph (1)
TFBSTools (3408)
tfbstools (0)
tfdatasets (1)
TFEA.ChIP (72)
TFHAZ (56)
TFisher (1)
TFMPvalue (9)
tfrmt (1)
tfruns (14)
tfse (1)
TFutils (87)
tgp (1)
tgxWebservices (0)
TH.data (81)
thematic (6)
themeSanofi (1)
themis (1)
this.path (1)
threejs (1)
ThresholdROC (1)
tibbke (1)
tibble (80)
tictoc (8)
tidybayes (1)
tidybulk (253)
tidycensus (22)
tidyclust (1)
tidycmprsk (1)
tidyCoverage (19)
tidydr (1)
tidyFlowCore (3)
tidyfst (1)
tidygraph (34)
tidyHeatmap (1)
tidyjson (0)
tidylog (1)
tidymodels (16)
tidyomics (26)
tidyposterior (1)
tidypredict (1)
tidyproteomics (1)
tidyquant (1)
tidyr (196)
tidyrules (1)
tidyselect (163)
tidySEM (1)
tidyseurat (1)
tidySingleCellExperiment (213)
tidySpatialExperiment (24)
tidySummarizedExperiment (353)
tidytable (0)
tidyterra (2)
tidytext (4)
tidytlg (0)
tidytree (47)
tidyTree (1)
tidyverse (21)
tidyvpc (1)
tidyxl (1)
tiff (4)
tigre (77)
tigris (23)
tikzDevice (1)
tiledb (1)
TileDBArray (60)
tiledbsoma (1)
tilingArray (145)
timechange (138)
timecourse (74)
timeDate (36)
timeOmics (86)
TimeProjection (1)
timereg (1)
TimerQuant (0)
timescape (79)
timeSeries (9)
TimeSeriesExperiment (10)
timetk (2)
TimiRGeN (54)
Timma (1)
TIN (52)
TINC (0)
tinkr (0)
tinysnapshot (1)
tinytable (1)
tinytest (1)
tinytex (338)
tippy (1)
tis (1)
TissueEnrich (193)
TitanCNA (81)
titanic (1)
tkrgl (0)
tkrplot (1)
tkWidgets (1305)
tkwidgets (1)
tldrm (1)
TLMoments (1)
tLOH (49)
tm (3)
tmap (1)
TMB (35)
TMixClust (69)
tmle (1)
tmvnsim (1)
tmvtnorm (1)
TNBC.CMS (47)
TNO (1)
TNRS (1)
TnT (38)
TOAST (391)
toastui (1)
tofsims (9)
tokenizers (3)
tokupika (1)
tolerance (1)
tomoda (52)
tomoseqr (48)
tools (1)
toOrdinal (1)
TOP (48)
ToPASeq (8)
topconfects (173)
topdownr (78)
topGO (3034)
topgo (0)
topicmodels (1)
topr (1)
torch (1)
tornado (1)
ToxicoGx (71)
Tplyr (2)
TPP (104)
TPP2D (54)
tpSVG (17)
tracee (1)
tracktables (143)
trackViewer (511)
trackviewer (1)
tradeSeq (509)
tradeseq (1)
traits (1)
TrajectoryGeometry (43)
TrajectoryUtils (1933)
tram (1)
TraMineR (0)
transcriptogramer (63)
transcriptR (73)
transformGamPoi (78)
transformr (1)
transite (64)
translations (1)
tRanslatome (156)
transmogR (17)
transomics2cytoscape (62)
transport (1)
TransView (57)
TraRe (6)
traseR (54)
Travel (4)
traviz (60)
tree (1)
TreeAndLeaf (135)
treeclimbR (17)
treeio (20018)
treekoR (59)
treemap (1)
treemapify (1)
treespace (1)
TreeSummarizedExperiment (1736)
TREG (48)
trena (29)
TReNA (2)
trendeval (1)
Trendy (62)
TRESS (97)
triangle (1)
tricycle (238)
triebeard (4)
triform (16)
trigger (65)
trimcluster (0)
trio (101)
tripack (1)
triplex (66)
tripr (51)
tRNA (143)
tRNAdbImport (117)
tRNAscanImport (74)
TRONCO (74)
trtf (1)
truncdist (1)
truncnorm (5)
truncreg (1)
trust (0)
tryCatchLog (1)
TSAR (32)
TSCAN (635)
tscR (14)
tseries (8)
tseriesChaos (0)
tsfeatures (3)
tsibble (1)
tsibbledata (1)
tsModel (1)
tsna (0)
tsne (2)
tsoutliers (1)
TSP (18)
tspair (17)
TSRchitect (12)
TSSi (14)
tsvio (0)
ttdo (0)
ttgsea (86)
TTMap (58)
TTR (6)
ttservice (1)
tufte (1)
tune (16)
tuneR (0)
tuneRanger (1)
TurboNorm (66)
Turnover.cells.pSILAC.TMT (1)
TVTB (67)
twang (1)
twangContinuous (1)
tweeDEseq (145)
tweedie (1)
tweenr (28)
twilight (110)
twoddpcr (57)
TwoSampleMR (0)
twosamples (1)
txcutr (49)
TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene (7)
TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene (1)
TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.ensGene (0)
TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene (6)
TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene (1)
txdbmaker (960)
tximeta (1144)
tximport (3406)
tximportDat (1)
tximportData (1)
TxRegInfra (7)
txtq (1)
TypeInfo (52)
tzdb (68)

U

uatools (1)
UCell (1358)
uchardet (1)
ucminf (4)
UCSC.utils (8986)
udunits2 (1)
ufs (1)
Ularcirc (65)
umap (13)
UMI4Cats (61)
unbalanced (0)
uncoverappLib (58)
UNDO (67)
Unicode (1)
unifiedWMWqPCR (47)
unigd (1)
UniProt.ws (428)
uniqueAtomMat (0)
Uniquorn (58)
unitizer (1)
units (54)
universalmotif (585)
unix (1)
unmarked (1)
unrtf (1)
updateObject (46)
UPDhmm (15)
UpSetR (1)
uqot (1)
urca (6)
urlchecker (1)
urltools (1)
uroot (0)
usdm (1)
useful (1)
usethis (133)
usmap (1)
usmapdata (1)
uSORT (61)
UTAR (0)
utf8 (218)
utils (1)
utilsRmd (1)
utilsStuff (1)
uuid (193)
uwot (79)

V

V.PhyloMaker2 (1)
V8 (26)
VAExprs (49)
validate (1)
valr (1)
VAM (1)
VanillaICE (213)
vaplot (1)
vapour (0)
VarCon (45)
variables (1)
variancePartition (948)
VariantAnnotation (12365)
variantannotation (1)
VariantExperiment (49)
VariantFiltering (90)
VariantTools (172)
VariantWarehouseBMS (1)
varImp (1)
vars (1)
vasp (3)
VaSP (60)
vaultr (1)
vbmp (85)
VBsparsePCA (1)
vcd (3)
VCFArray (62)
vcfR (1)
vcr (1)
vctrs (297)
vdbR (0)
vdiffr (3)
VDJdive (52)
Vega (13)
VegaMC (56)
vegan (12)
vegawidget (1)
velociraptor (133)
velocyto.R (1)
veloviz (50)
vembedr (1)
vendormetadatahelpers (1)
venn (10)
VennDetail (243)
VennDiagram (1)
venneuler (0)
VERSO (50)
VGAM (16)
VGAMextra (1)
vhydeg (0)
VIBER (0)
vidger (115)
VIM (1)
vimp (1)
VineCopula (1)
vioplot (0)
vip (1)
viper (704)
vipor (14)
viridis (180)
viridisLite (92)
viridislite (0)
virtualArray (7)
visdat (1)
ViSEAGO (137)
VisiumIO (18)
visNetwork (4)
visR (1)
vissE (99)
vistime (31)
vitae (1)
Voyager (144)
vpc (1)
VplotR (58)
vroom (155)
vscDebugger (1)
vsclust (54)
vsn (5309)
vtpnet (77)
vulcan (66)

W

waddR (53)
waffle (1)
waiter (12)
wakefield (1)
waldo (149)
wallace (1)
warp (14)
wateRmelon (779)
wavClusteR (64)
waveslim (1)
waveTiling (16)
wdm (1)
wdman (2)
weaver (62)
webbioc (65)
webchem (1)
webdriver (1)
webfakes (1)
WebGestaltR (1)
webmockr (1)
webp (1)
webshot (30)
webshot2 (3)
websocket (2)
webutils (1)
WeightIt (2)
weights (3)
WeightSVM (0)
weitrix (55)
WES.1KG.WUGSC (1)
wesanderson (1)
WGCNA (14)
WGScan (0)
WGSmapp (1)
whereami (0)
whisker (46)
whitening (1)
whoami (1)
widgetInvoke (2)
widgetTools (1306)
widgettools (1)
wiggleplotr (176)
WikidataQueryServiceR (1)
WikidataR (1)
WikipediR (3)
wikitaxa (1)
wildmeta (1)
winboxr (1)
withr (257)
wk (54)
wmtsa (1)
wordcloud (1)
wordcloud2 (1)
workflowr (1)
workflows (14)
workflowsets (14)
WorldFlora (1)
worrms (2)
wpm (58)
wppi (45)
wrapr (1)
Wrench (1689)
writexl (20)
WriteXLS (2)
wrMisc (1)
WRS2 (2)

X

xairadiffex (1)
xaringan (1)
xaringanExtra (1)
xaringanthemer (1)
xbioc (1)
XBSeq (10)
xCell (1)
XCIR (5)
xcms (1882)
xcore (50)
XDE (72)
xdg-utils (0)
Xeva (96)
xfun (386)
xgboost (85)
xgxr (1)
XIFF (1)
XINA (47)
XLConnect (1)
XLConnectJars (1)
xlsx (1)
xlsxjars (1)
xmapbridge (57)
xmapcore (3)
XML (119)
xml2 (175)
xmlparsedata (1)
XNAString (52)
xopen (19)
xportr (1)
xpose (1)
xpose.nlmixr2 (1)
xpose4 (1)
xps (16)
xrf (1)
xslt (3)
xtable (3)
xts (25)
XVector (48835)
XVectorb (0)

Y

y2hStat (2)
yaImpute (1)
yaml (181)
yamss (65)
YAPSA (87)
yaqcaffy (16)
yardstick (21)
yarn (137)
ylab.utils (1)
ymlthis (0)
yspec (1)
yulab.utils (56)

Z

zCompositions (10)
zeallot (1)
zellkonverter (1179)
zelusutils (1)
zen4R (1)
zenith (140)
zFPKM (113)
zinbwave (916)
zingeR (1)
zip (174)
Ziploc (1)
zitools (1)
zli (1)
zlibbioc (52642)
zoo (32)
ZygosityPredictor (46)