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### chunk number 1: loadLib
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library(RTCA)


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### chunk number 2: dataImport
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ofile <-  system.file("extdata/testOutput.csv", package="RTCA")
x <- parseRTCA(ofile)


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### chunk number 3: dataImportFile eval=FALSE
###################################################
## ofile <- file.path("/directory/of/the/file/myFile.txt")


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### chunk number 4: printRTCA
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x


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### chunk number 5: annotate
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pfile <- system.file("extdata/testOutputPhenoData.csv", package="RTCA")
pData <- read.csv(pfile, sep="\t", row.names="Well")
metaData <- data.frame(labelDescription=c(
                         "Rack number",
                         "siRNA catalogue number",
                         "siRNA gene symbol",
                         "siRNA EntrezGene ID",
                         "siRNA targeting accession"
                         ))
phData <- new("AnnotatedDataFrame", data=pData, varMetadata=metaData)


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### chunk number 6: annotateAssign
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phenoData(x) <- phData


###################################################
### chunk number 7: annotatedx
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head(pData(x))


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### chunk number 8: alternativeAnnotate eval=FALSE
###################################################
## x <- parseRTCA(ofile, phenoData=phData)


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### chunk number 9: plotRTCA
###################################################
  plot(x[,1:4], type="l", col="black", lty=1:4, xlab="time point", ylab="Cell Index")


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### chunk number 10: addTimeLine
###################################################
x <- addAction(x, 22, "trasfection")
x <- addAction(x, 30, "medium change")


###################################################
### chunk number 11: extractTimeLine
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timeline(x)


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### chunk number 12: timeLineExamples
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tl <- timeline(x)
show(tl)
tlAdd <- addAction(tl, 35, "normalization"); tlAdd
getAction(tl, 22)
tlComp <- updateAction(tl, 22, "compound transfection")
tlComp
tlRm <- rmAction(tlAdd,35 ); tlRm


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### chunk number 13: ratioTransform
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xRatio <- ratioTransform(x, 35)
plot(xRatio[,1:4], lty=1:4, type="l", col="black",xlab="time point", ylab="Normalized Cell Index")
abline(v=35, col="red", lwd=2)


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### chunk number 14: plateView
###################################################
plateView(x, col="orange")


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### chunk number 15: sessionInfo
###################################################
toLatex(sessionInfo())