###################################################
### chunk number 1: data
###################################################
library("yaqcaffy")
library("affydata")
data(Dilution)
## probe intensities modification
tmp <- exprs(Dilution)
tmp[,1] <- tmp[,1]*2
exprs(Dilution) <- tmp


###################################################
### chunk number 2: yaqc
###################################################
yqc <-yaqc(Dilution,verbose=TRUE)
show(yqc)


###################################################
### chunk number 3: objectversion
###################################################
objectVersion(yqc)


###################################################
### chunk number 4: plotqual
###################################################
plot(yqc)


###################################################
### chunk number 5: outlier
###################################################
getOutliers(yqc,"sfs")


###################################################
### chunk number 6: merge
###################################################
yqc2<-yaqc(Dilution[,2:3])
arrays(yqc) 
arrays(yqc2)
yqc3<-merge(yqc,yqc2)
arrays(yqc3)


###################################################
### chunk number 7: myyaqccontolprobes eval=FALSE
###################################################
## yqc <- yaqc(myAffyData,myYaqcControlProbes="yaqcControlProbes")


###################################################
### chunk number 8: maqcsubsetafx
###################################################
library(MAQCsubsetAFX)
data(refB)
d<-refB[,1]
sampleNames(d)


###################################################
### chunk number 9: reprodplot eval=FALSE
###################################################
##  reprodPlot(d,"refA",normalize="rma")


###################################################
### chunk number 10: reprodplorFig
###################################################
reprodPlot(d,"test",normalize="none")


###################################################
### chunk number 11: sessioninfo
###################################################
toLatex(sessionInfo())