################################################### ### chunk number 1: ################################################### library(xps) ################################################### ### chunk number 2: ################################################### library(xps) ################################################### ### chunk number 3: ################################################### celdir <- paste(.path.package("xps"),"raw",sep="/") ################################################### ### chunk number 4: ################################################### scheme.test3 <- root.scheme(paste(.path.package("xps"),"schemes/SchemeTest3.root",sep="/")) ################################################### ### chunk number 5: ################################################### celfiles <- c("TestA1.CEL","TestA2.CEL") data.test3 <- import.data(scheme.test3, "tmpdt_DataTest3", celdir=celdir, celfiles=celfiles, verbose=FALSE) ################################################### ### chunk number 6: ################################################### unlist(treeNames(data.test3)) ################################################### ### chunk number 7: ################################################### celfiles <- c("TestB1.CEL","TestB2.CEL") data.test3 <- addData(data.test3, celdir=celdir, celfiles=celfiles, verbose=FALSE) ################################################### ### chunk number 8: ################################################### getTreeNames(rootFile(data.test3)) ################################################### ### chunk number 9: ################################################### tmp <- intensity(data.test3) head(tmp) ################################################### ### chunk number 10: ################################################### data.test3 <- attachInten(data.test3) ################################################### ### chunk number 11: ################################################### tmp <- intensity(data.test3) head(tmp) ################################################### ### chunk number 12: ################################################### subdata.test3 <- attachInten(data.test3, c("TestB1.cel","TestA2")) tmp <- intensity(subdata.test3) head(tmp) ################################################### ### chunk number 13: ################################################### data.test3 <- removeInten(data.test3) tmp <- intensity(data.test3) head(tmp) ################################################### ### chunk number 14: ################################################### data.test3 <- attachMask(data.test3) data.test3 <- attachInten(data.test3) ################################################### ### chunk number 15: hist ################################################### hist(data.test3) ################################################### ### chunk number 16: boxplot ################################################### boxplot(data.test3) ################################################### ### chunk number 17: image ################################################### image(data.test3, names="TestA1.cel_MEAN") ################################################### ### chunk number 18: pmplot ################################################### pmplot(data.test3) ################################################### ### chunk number 19: ################################################### data.test3 <- removeInten(data.test3) data.test3 <- removeMask(data.test3) ################################################### ### chunk number 20: ################################################### library(xps) scheme.test3 <- root.scheme(paste(.path.package("xps"),"schemes/SchemeTest3.root",sep="/")) data.test3 <- root.data(scheme.test3, paste(.path.package("xps"),"rootdata/DataTest3_cel.root",sep="/")) ################################################### ### chunk number 21: ################################################### data.rma <- rma(data.test3, "tmpdt_Test3RMA", verbose=FALSE) ################################################### ### chunk number 22: ################################################### data.mas5 <- mas5(data.test3, "tmpdt_Test3MAS5", normalize=TRUE, sc=500, update=TRUE, verbose=FALSE) ################################################### ### chunk number 23: ################################################### expr.rma <- validData(data.rma) expr.mas5 <- validData(data.mas5) ################################################### ### chunk number 24: plot ################################################### plot(expr.rma[,1],expr.mas5[,1],log="xy",xlim=c(1,20000),ylim=c(1,20000)) ################################################### ### chunk number 25: ################################################### call.mas5 <- mas5.call(data.test3,"tmpdt_Test3Call", verbose=FALSE) ################################################### ### chunk number 26: ################################################### call.dabg <- dabg.call(data.test3,"tmpdt_Test3DABG", verbose=FALSE) ################################################### ### chunk number 27: ################################################### pres.mas5 <- presCall(call.mas5) head(pres.mas5) ################################################### ### chunk number 28: ################################################### pval.mas5 <- pvalData(call.mas5) head(pval.mas5) ################################################### ### chunk number 29: hist-rma ################################################### hist(data.rma) ################################################### ### chunk number 30: boxplot-rma ################################################### boxplot(data.rma) ################################################### ### chunk number 31: mvaplot ################################################### mvaplot(data.rma, pch=20, ylim=c(-2,2), names="TestB1.mdp_LEVEL") ################################################### ### chunk number 32: callplot ################################################### callplot(call.mas5) ################################################### ### chunk number 33: ################################################### getTreeNames(rootFile(data.mas5)) ################################################### ### chunk number 34: ################################################### bgrd <- export.root(rootFile(data.mas5),schemeFile(data.mas5),"PreprocesSet","TestA2","wbg","fBg","BgrdROOTOut.txt",as.dataframe=TRUE, verbose=FALSE) ################################################### ### chunk number 35: ################################################### wbg <- matrix(bgrd[,"BGRD"], ncol=ncols(schemeSet(data.mas5)), nrow=nrows(schemeSet(data.mas5))) ################################################### ### chunk number 36: image-bg ################################################### image(log2(wbg)) ################################################### ### chunk number 37: ################################################### prefltr <- PreFilter(mad=c(0.5), lothreshold=c(7.0,0.02,"mean"), hithreshold=c(10.5,80.0,"percent")) str(prefltr) ################################################### ### chunk number 38: ################################################### data.rma@rootfile <- paste(.path.package("xps"),"rootdata/tmp_Test3RMA.root",sep="/") data.rma@filedir <- paste(.path.package("xps"),"rootdata",sep="/") ################################################### ### chunk number 39: ################################################### rma.pfr <- prefilter(data.rma, "tmpdt_Test3Prefilter", getwd(), filter=prefltr, minfilters=2, verbose=FALSE) ################################################### ### chunk number 40: ################################################### tmp <- validData(rma.pfr) head(tmp) dim(tmp[tmp[,"FLAG"]==1,]) ################################################### ### chunk number 41: ################################################### unifltr <- UniFilter(foldchange=c(1.3,"both"), unifilter=c(0.1,"pval")) ################################################### ### chunk number 42: ################################################### data.rma@rootfile <- paste(.path.package("xps"),"rootdata/tmp_Test3RMA.root",sep="/") data.rma@filedir <- paste(.path.package("xps"),"rootdata",sep="/") ################################################### ### chunk number 43: ################################################### rma.ufr <- unifilter(data.rma, "tmpdt_Test3Unifilter", getwd(), unifltr, group=c("GrpA","GrpA","GrpB","GrpB"), xps.fltr=rma.pfr, verbose=FALSE) ################################################### ### chunk number 44: ################################################### tmp <- validData(rma.ufr) tmp ################################################### ### chunk number 45: ################################################### msk <- validFilter(rma.ufr) tmp <- validData(rma.ufr, which="UnitName") tmp <- cbind(tmp, msk) ################################################### ### chunk number 46: ################################################### tmp <- export.filter(rma.ufr, treetype="stt", varlist="fUnitName:fName:fSymbol:fc:pval:flag", as.dataframe=T, verbose=FALSE) head(tmp) ################################################### ### chunk number 47: volcanoplot ################################################### volcanoplot(rma.ufr, labels="fSymbol") ################################################### ### chunk number 48: eval=FALSE ################################################### ## library(xps) ## libdir <- "/path/to/Affy/libraryfiles" ## anndir <- "/path/to/Affy/Annotation" ## scmdir <- "/path/to/CRAN/Workspaces/Schemes" ################################################### ### chunk number 49: eval=FALSE ################################################### ## scheme.test3 <- import.expr.scheme("Scheme_Test3_na28", ## filedir=scmdir, ## paste(libdir,"Test3.CDF",sep="/"), ## paste(libdir,"Test3_probe.tab",sep="/"), ## paste(anndir,"Test3.na28.annot.csv",sep="/")) ################################################### ### chunk number 50: eval=FALSE ################################################### ## scmdir <- "/path/to/CRAN/Workspaces/Schemes" ## scheme.test3 <- root.scheme(paste(scmdir,"SchemeTest3.root",sep="/")) ################################################### ### chunk number 51: eval=FALSE ################################################### ## scheme.test3 <- import.expr.scheme("Scheme_Test3_na28",..., add.mask=TRUE) ################################################### ### chunk number 52: eval=FALSE ################################################### ## library(Biobase) ## expr.rma <- validData(data.rma) ## minimalSet <- new("ExpressionSet", exprs = as.matrix(expr.rma)) ################################################### ### chunk number 53: eval=FALSE ################################################### ## vv <- minimalSet[1:5,1:3] ## featureNames(vv) ## sampleNames(vv) ## exprs(vv) ################################################### ### chunk number 54: eval=FALSE ################################################### ## root.image(data.exon, treename="BreastA.cel", zlim=c(3,11), w=400, h=400) ################################################### ### chunk number 55: eval=FALSE ################################################### ## root.density(data.exon, "*", w=400, h=400) ## root.density(data.x.rma, "*", w=400, h=400) ################################################### ### chunk number 56: eval=FALSE ################################################### ## root.profile(data.x.rma, w=640, h=400) ################################################### ### chunk number 57: eval=FALSE ################################################### ## root.graph2D(data.exon, "BreastA.cel", "BreastB.cel") ## root.graph2D(data.x.rma, "BreastA.mdp", "BreastB.mdp") ################################################### ### chunk number 58: eval=FALSE ################################################### ## root.hist2D(data.exon, "BreastA.cel", "BreastB.cel", option="COLZ") ## root.hist2D(data.x.rma, "BreastA.mdp", "BreastB.mdp", option="COLZ") ## root.hist2D(data.x.rma, "BreastA.mdp", "BreastB.mdp", option="SURF2") ################################################### ### chunk number 59: eval=FALSE ################################################### ## root.hist3D(data.exon, "BreastA.cel", "BreastB.cel", "BreastC.cel", option="SCAT") ## root.hist3D(data.x.rma, "BreastA.mdp", "BreastB.mdp", "BreastC.mdp", option="SCAT") ################################################### ### chunk number 60: eval=FALSE ################################################### ## data.farms <- farms(data.test3,"tmp_Test3FARMS",verbose=FALSE) ################################################### ### chunk number 61: eval=FALSE ################################################### ## data.dfw <- dfw(data.test3,"tmp_Test3DFW",verbose=FALSE) ################################################### ### chunk number 62: eval=FALSE ################################################### ## call.ini <- ini.call(data.test3,"tmp_Test3INI",verbose=FALSE)