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### chunk number 1: 
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options(width = 60)


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### chunk number 2:  eval=FALSE
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## source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
## biocLite("tigre")


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### chunk number 3: 
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library(tigre)


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### chunk number 4:  eval=FALSE
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## # Names of CEL files
## expfiles <- c(paste("embryo_tc_4_", 1:12, ".CEL", sep=""),
##               paste("embryo_tc_6_", 1:12, ".CEL", sep=""),
##               paste("embryo_tc_8_", 1:12, ".CEL", sep=""))
## # Load the CEL files
## expdata <- ReadAffy(filenames=expfiles,
##                     celfile.path="embryo_tc_array_data")
## # Setup experimental data (observation times)
## pData(expdata) <- data.frame("time.h" = rep(1:12, 3),
##                              row.names=rownames(pData(expdata)))
## # Run mmgMOS processing (requires several minutes to complete)
## drosophila_mmgmos_exprs <- mmgmos(expdata)
## drosophila_mmgmos_fragment <- drosophila_mmgmos_exprs


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### chunk number 5:  eval=FALSE
###################################################
## drosophila_gpsim_fragment <-
##   processData(drosophila_mmgmos_fragment,
##               experiments=rep(1:3, each=12))


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### chunk number 6: 
###################################################
data(drosophila_gpsim_fragment)


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### chunk number 7: 
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# The probe identifier for TF 'twi'
twi <- "143396_at"
# The probe identifier for the target gene
target <- "152715_at"

# Learn the model using only one of the 3 repeats in the data
model <- GPLearn(drosophila_gpsim_fragment[,1:12],
                 TF=twi, targets=target,
                 useGpdisim=TRUE, quiet=TRUE)

# Display the model parameters
show(model)


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### chunk number 8:  eval=FALSE
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## GPPlot(model)


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### chunk number 9: 
###################################################
GPPlot(model)