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### chunk number 1: 
###################################################
library(logicFS)


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### chunk number 2: 
###################################################
data(data.logicfs)


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### chunk number 3: 
###################################################
bin.snps<-make.snp.dummy(data.logicfs)


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### chunk number 4: 
###################################################
my.anneal<-logreg.anneal.control(start=2, end=-2, iter=10000)


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### chunk number 5: 
###################################################
log.out<-logicFS(bin.snps, cl.logicfs, B=20, nleaves=10, rand=123, anneal.control=my.anneal)


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### chunk number 6: 
###################################################
log.out


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### chunk number 7:  eval=FALSE
###################################################
## plot(log.out)


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### chunk number 8: 
###################################################
bag.out<-logic.bagging(bin.snps, cl.logicfs, B=20, nleaves=10, rand=123, anneal.control=my.anneal)
bag.out


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### chunk number 9: 
###################################################
bag.out$vim


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### chunk number 10: 
###################################################
cl.preds<-predict(bag.out,bin.snps)


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### chunk number 11: 
###################################################
mean(cl.preds!=cl.logicfs)