################################################### ### chunk number 1: ################################################### library(frma) ################################################### ### chunk number 2: ################################################### library(frmaExampleData) data(AffyBatchExample) object <- frma(AffyBatchExample, summarize="median_polish") ################################################### ### chunk number 3: ################################################### library(frma) ################################################### ### chunk number 4: ################################################### library(frmaExampleData) data(AffyBatchExample) object <- frma(AffyBatchExample, summarize="robust_weighted_average") ################################################### ### chunk number 5: ################################################### library(frma) ################################################### ### chunk number 6: ################################################### library(frmaExampleData) data(AffyBatchExample) object <- frma(AffyBatchExample, summarize="batch") ################################################### ### chunk number 7: ################################################### e <- exprs(object) ################################################### ### chunk number 8: ################################################### library(frma) ################################################### ### chunk number 9: ################################################### library(frmaExampleData) data(AffyBatchExample) object <- frma(AffyBatchExample) ################################################### ### chunk number 10: ################################################### bc <- barcode(object)