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### chunk number 1: gettingProbesets
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library(GeneRegionScan)


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### chunk number 2: gettingProbesetsNotRunPart eval=FALSE
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## transcriptClustersFile<-"~/HuEx-1-0-st-v2.na26.hg18.transcript.csv"
## mpsToPsFile<-"~/HuEx-1-0-st-v2.r2.dt1.hg18.full.mps"
## listOfProbesets<-getProbesetsFromRegionOfInterest("HuEx-1-0-st-v2", "chr2", 215889955,216106710, transcriptClustersFile=transcriptClustersFile, mpsToPsFile=mpsToPsFile)


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### chunk number 3: gettingProbeevelSet eval=FALSE
###################################################
## aptCelExtractPath<-"~/apt-bin/apt-cel-extract"
## clfPath<-"~/HuEx-1-0-st-v2.r2.clf"
## pgfPath<-"~/HuEx-1-0-st-v2.r2.pgf"
## 
## myProbeLevelSet<-getLocalProbeIntensities(listOfProbesets,"~/test-cels", aptCelExtractPath=aptCelExtractPath, pgfPath=pgfPath, clfPath=clfPath)


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### chunk number 4: getSequence eval=FALSE
###################################################
## getSequence(myProbeLevelSet,1:5)


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### chunk number 5: loadData
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data(exampleProbeLevelSet)
pData(exampleProbeLevelSet)[1:3,]


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### chunk number 6: plot1
###################################################
plotOnGene(exampleProbeLevelSet, mrna)


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### chunk number 7: plot2
###################################################
plotOnGene(exampleProbeLevelSet, mrna, summaryType="dots", interval=c(500,1000))


###################################################
### chunk number 8: plot3
###################################################
exonStructure(mrna, genomic)


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### chunk number 9: plot4
###################################################
plotOnGene(exampleProbeLevelSet, mrna, label="gender", testType="wilcoxon", verbose=FALSE)
exonStructure(mrna, genomic)



###################################################
### chunk number 10: plot5
###################################################
plotOnGene(exampleProbeLevelSet, mrna, label="genotype1", testType="linear model", verbose=FALSE)
exonStructure(mrna, genomic)


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### chunk number 11: plot5
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mrna_subset<-mrna
mrna_subset[[1]]$seq<-substr(mrna_subset[[1]]$seq,500,1000)
plotCoexpression(exampleProbeLevelSet, gene=mrna_subset, correlationCutoff=0.5, probeLevelInfo=c("probeid","sequence"), verbose=FALSE)


###################################################
### chunk number 12: plot6 eval=FALSE
###################################################
## geneRegionScan(exampleProbeLevelSet, gene=mrna, genomicData=genomic, label="genotype3", testType="linear model", correlationCutoff=0.5, probeLevelInfo=c("probeid","sequence"), verbose=FALSE)


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### chunk number 13: sessioninfo
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sessionInfo()