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### chunk number 1: 
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library(DNAcopy)


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### chunk number 2: 
###################################################
data(coriell)


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### chunk number 3: 
###################################################
CNA.object <- CNA(cbind(coriell$Coriell.05296),
                  coriell$Chromosome,coriell$Position,
                  data.type="logratio",sampleid="c05296")


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### chunk number 4: 
###################################################
smoothed.CNA.object <- smooth.CNA(CNA.object)


###################################################
### chunk number 5: 
###################################################
segment.smoothed.CNA.object <- segment(smoothed.CNA.object, verbose=1)


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### chunk number 6: 
###################################################
plot(segment.smoothed.CNA.object, plot.type="w")


###################################################
### chunk number 7: 
###################################################
plot(segment.smoothed.CNA.object, plot.type="s") 


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### chunk number 8: 
###################################################
plot(segment.smoothed.CNA.object, plot.type="p")


###################################################
### chunk number 9: 
###################################################
sdundo.CNA.object <- segment(smoothed.CNA.object, 
                             undo.splits="sdundo", 
                             undo.SD=3,verbose=1)


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### chunk number 10: 
###################################################
plot(sdundo.CNA.object,plot.type="s")