################################################### ### chunk number 1: ################################################### library(Biostrings) file <- system.file("extdata", "ce2chrM.fa", package="BSgenome") fasta.info(file) ################################################### ### chunk number 2: ################################################### library(BSgenome) seed_files <- system.file("extdata", "GentlemanLab", package="BSgenome") list.files(seed_files, pattern="-seed$") rn4_seed <- list.files(seed_files, pattern="rn4", full.names=TRUE) cat(readLines(rn4_seed), sep="\n") ################################################### ### chunk number 3: eval=FALSE ################################################### ## library(BSgenome) ## forgeBSgenomeDataPkg("path/to/my/seed") ################################################### ### chunk number 4: ################################################### sessionInfo()